تعد مؤسسة الأزهر الشريف من أهم وأعرق المؤسسات الدينية والعلمية في مصر والعالم ومع تراجع دورها في الفترة الأخيرة وبروز تيارات تحاول أن تملأ فراغ الأزهر الذي ظهر ومع تعالي أصوات مطالبة داخل الجمعية التأسيسية لصياغة الدستور بجعل الأزهر مرجعية للدولة تعالت معها الأصوات الرافضة لتسييس الأزهر وسط تخوفات من سيطرة جماعة بعينها عليه خاصة بعد رفض الأزهر نفسه جعله مرجعية للدولة. وبين السلطة الكهنوتية التي تخيف البعض وبين التخوف على هوية مصر الشرقية الإسلامية يمكن الصراع ويظهر الجدل. أحمد دراج قال إن وجود مؤسسة كبرى كمؤسسة الأزهر كمرجعيه دينية في ذلك الوقت يعد خطرا كبيرا خاصة وأن هناك نوع من الالتباس والتخبط بين كل الرؤى التي تتبناها بعض الجماعات التي تعتقد الإسلام السياسي وبين إسلام عامة الناس أيضا مشيرا إلى أن ما يتعلق بالدين لا غضاضة فيه أن يكون للأزهر هنا مرجعية ولكن في شؤون السياسة يجب أن نبتعد فيه عن مؤسسة الأزهر حتى لا تتحكم الرؤى الدينية في السياسه مشيرا إلى أنه ليس معنى ذلك أن يتم فصل الدين نهائيا عن السياسة ولكن عدم وضع قيود دينية على العمل السياسي من خلال رؤى دينية. وأعطى دراج مثالا على ذلك بالشيخ المحلاوي بالإسكندرية والذي يخرج في كل مناسبة بفتاوى تجعل من الرئيس إلها - على حد قوله - والشيخ هاشم الذي أفتى بإهدار دم الداعين لمظاهرات في 24 أغسطس والذي يرى دراج أنه لابد وأن يحاكم مؤكدا أن العمل السياسي اجتهاد إنساني يمكن أن يصيب أو يخطأ أما الدين فلا مجال فيه للخطأ. وعن مطالبات بعض أعضاء التأسيسية بمرجعية الأزهر باعتباره الرؤية الوسطية الوحيدة الموجود، توقع دراج أن مرجعية الأزهر من عدمها ستظل نقطه جدلية إلى وقت بعيد مشيرا إلى أنها نقطة محورية في الدستور وهي التي ستحدد مدى مدنية خاصة وأن هناك مثالا على ذلك في أوروبا الوسطى من السيطرة الكهنوتيه التي حاولت أن تتحكم في كافة سياسات الدولة ,لذلك فإن الأزهر ينأى بنفسه عن الصراعات السياسية وجاء ذلك من خلال رفضه بأن يكون المرجعية الدينية للدولة. وأشار دراج إلى أن تراجع دور الأزهر في الفترة الأخيرة هو ما جعل الأزهر مترددا في كافة قرارته بهذا الشكل الذي يتضح لنا مشيرا إلى أنه يجب عليه وضع ميزان معتدل للتعامل مع الوضع السياسي ومن هنا حدث نوع من فقدان الثقه بين الأزهر وعامة الشعب مما أدى إلى تصاعد دور أصحاب الآراء الدينية المتشددة على حساب الأزهر واستطرد دراج حديثه قائلا أن الأزهر سيظل كذلك إن لم تستقل مؤسسة الأزهر عن باقي مؤسسات الدولة. مينا ثابت عضو اتحاد شباب ماسبيرو قال أنه أثير جدلا في الفترة الأخيرة حول مرجعية الأزهر وقال أنه شارك منذ أيام في ورشة نقاش حول هذه النقطة لأنها أثارت داخل الجمعية التأسيسية للدستور واستطرد مينا قائلا : مع احترامي الشديد لمؤسسة الأزهر وهو مؤسسة عريقة ولكن حينما أضعه كمرجعيه إذا فهناك تعدي على الدستور والقانون. وأضاف مينا أننا حينما نتحدث عن دولة مدنية فالمجتمعات المتطورة هي التي تتخذ الدستور والقانون المرجعية الوحيدة لها مشيرا إلى أن مثل هذه الدعوات تعد تراجعا للخلف وتهدم مفهوم الدولة المدنية. كما وجه مينا شكرا للأزهر على رفضه لمثل هذه الدعوات معبرا عن ذلك بأن الأزهر قد انتزع يده عن المهاترات مشيرا إلى أنه موقف محترم جدا من تلك المؤسسة العريقة. واستطرد مينا حديثه قائلا أن الدستور هو المرجعية ويجب ألا يميز بين إنسان وآخر لا على أساس العرق أو الدين أو اللون ويكون معبرا عن الهوية لمصرية التي هي مزيج من الثقافات المتعددة. هيثم محمدين عضو الاشتراكيين الثوريين قال أن رفض الأزهر بأن يكون مرجعية داخل الدستور هو موقف إيجابي لأننا نرفض وجود أية سلطة دينية فالأزهر هو المؤسسة الدينية الوحيدة في مصر ولكن على الرغم من ذلك فلا يجب أن تكون المرجعية إلا للدستور والقانون وأنه لاشئ يعلو عليهم لأن الدستور هو الحافظ الوحيد للحقوق ولا يجوز أن يكون هناك سلطة لمراقبة القوانين حتى وإن كانت الأزهر مع احترامي الكامل لها. وعن مطالبات بعض القوى داخل التأسيسية بجعل الأزهر مرجعية على الرغم من اختلاف تلك القوى مع الأزهر قال أن ذلك يعد عمل استراتيجي لهم خاصة وأن خطتهم القادمة هي التغلغل داخل كافة المؤسسات وبالتالي داخل الأزهر وبالتالي أيضا حينما يكون الأزهر مرجعية وهو في قبضتهم فسيتاح لمهم حينئذ ما يشاؤون. دكتور محمد رأفت عثمان أستاذ الشريعة والقانون قال أن فكرة وجود الأزهر كمرجعية لايجب أن يخيف احد خاصة وأن الأزهر معروف بوسطيته وعدم تبعيته لفئة معينة أو اتجاه فكري معين لأنها مؤسسة ملك للأمة الإسلامية كلها. وأشار أستاذ الشريعة والقانون إلى أن الأزهر بنص القانون يعد مرجعية وبالتالي لايجب أن نوجد تخوفات لامبرر لها. مشيرا إلى أنه لا سلطة كهنوتيه في الإسلام إنما توجد سلطة علمية تعتمد القرآن والسنة في بيان أحكام الشريعة ولكل مسلم التأهل العلمي أن يناقش ويتدبر وبالتالي فالأزهر لايدعي السلطة الكهنوتية إطلاقا. أما عن التخوفات من تسيس الأزهر الشريف لصالح جماعات معينة قال أنها إدعاءات خطيرة ولايجوز أن تطرح من الأساس مشيرا إلى أنه على الرغم من أن دور الزهر تراجع في فترات ولكن ذلك كان على يد بعض من مشايخه فقط وليست مؤسسة الأزهر ككل مشيرا إلى أنه كان يتمنى وأن يوافق الأزهر على جعله المرجعية الدينية في الدستور.