اثار التعديل الذي اجرته الجمعية التاسيسية للدستور على المادة الثانية للدستور باسناد تفسيرها للازهر الشريف ، جدلا واسعا في اوساط النخب السياسية وعلماء الدين ، فبينما هناك تخوفات من ان يكون هذا النص بمثابة فتح الباب لاقامة الدولة الدينية في مصر ومحالاوت لاختراق الازهر والسيطرة عليه من جانب جماعة الاخوان المسلمين والسلفيين فميا يؤد علماء الازهر هذا النص ويؤكدون ان الازهر هو المرجعية الوحيدة للمسلمين في الشئون الدينية. وفي هذا الجدل ، يحذر المفكر القبطىكمال زاخر، من أن هذا وضع الأزهر كمرجعية فى الدستور الجديد سوف يمثل إعتداء على سلطة المحكمة الدستورية وصلاحياتها لأنه حق أصيل للمحكمة الدستورية وسوف يؤدى إلى تداخل بين والتضارب بين اختصاصات المؤسسات. وأشار زاخرإلى أن جعل الأزهر مرجعية دينية يعتبر تمهيد للسطو السلفى على الأزهر وتحويلة لمؤسسة سلفية والدخول إلى مؤسسة الأزهر من الشباك، وفى هذا الحالة سوف تتحول الولاية فى مصر لولاية الفقية كما الوضع فى إيران. كما يرفض الناشط القبطي جمال أسعد وضع الأزهر كمرجعية فى الدستور الجديد خاصة مع وصول التيارات الإسلامية للحكم فى مصر وإستيلائهم على المؤسسات بشكل كلى وظهر ذلك فى سيطرتهم على جميع البحوث الإسلامية وعدد من المناصب داخل الأزهر فهم يسعون إلى التسلل إلى كافة المناصب في المؤسسات الإسلامية. ومن جهته يؤكد عبدالستار المليجى، القيادى الأخوانى السابق على ضرورة وضع هذه المادة فى الدستور المصرى لأنه سوف يقتصر أمر التحدث فى الدين على أهل الدين ورجاله فى وقت أصبح كل من هب ودب يتحدث فى أمور الدين فنحن فى حاجة إلى تنظيم الأختصاصات. وأضاف "المليجي" أن الأزهر هو المرجعية الأولى للمسلمين فى مصر وكل العالم الإسلامى فلا يجب أن تكون هناك جماعات دينية تحدد مصائر الناس واسلوب حياتهم فيجب فى حالة الخلاف والنزاع العودة للأزهر كمرجعية إسلامية أولى. ويرى المليجى أن وضع الأزهر بهذه الصورة لن يؤدى إلى أى تدخل فى السلطات كما يشاع لأن الأزهر فى الأساس يعتبر سلطة فوق كل سلطات الدولة فى الشئون الدينية للدولة. ومن جهتها ترى أمنه نصير، استاذ العقيدة الإسلامية أن وضع الأزهر فى الدستور القادم أم لا يثير أى أزمات وأن كل ما يثار الأن هو حجج واهية لكى يظهر كل طرف فى دور المدافع عن الإسلام ورافع راية الإسلام والحقيقة أن الإسلام غير فى حاجة لهم، فإنها هم من وجهة نظر أمنه، أن يتم وضع ماده تنص على المبادئ الأساسية للتشريع هى مبادئ الشريعة الإسلامية وفى حالة أثارة أى نزاع أو ازمات يتم الرجوع إلى الأزهر الشريف لمرجعية دينية الأولى فى مصر والعالم الإسلامى. في المقابل أكد د. ثروت عبدالعال، الفقيه الدستورى أن وضع مادة كهذه فى الدستور هو أمر مخالف لمبدأ المواطنة الذى ينص عليه الدستور المصرى فى صلب مواده الأساسية ومن شأنه تحويل مصر إلى دولة دينية ووضع مادة كهذه يعتبر تزيد فى التدين وهو أمر لا تتطلبه.
