أكد الدكتور سعد الدين إبراهيم مدير مركز ابن خلدون أن المادة الثانية من الدستور المتعلقة بالشريعة الإسلامية سببت قلق لغير المسلمين في مصر، منهم الأقباط، والشيعة والبهائيين، والذين اعتبروها سيف مسلط علي رقابهم. وأشار أن معظم الثورات الأوربية قامت من اجل فصل الدين عن الدولة، موضحا أنه يؤيد التصالح مع رموز النظام السابق مدللا كلامه بنموذج جنوب أفريقيا في العفو عن النظام السابق.
وطالب بخضوع رموز النظام السابق لمحاكمة عادلة، وبإمكانية عفو أهل الضحايا عنهم، ورفض إعدام أي مسئول سابق.
وابدي تأييده لمنظمات المجتمع المدني، قائلا: "عار علي وزير العدل اتهام آخرين بتلقي تحويلات خارجية بدون دليل".
وأوضح في مقابلة علي برنامج "من هنا ورايح" علي فضائية " المحور" أن أي تيار في مصر من حقه تكوين حزب سياسي، واسترط قائلا " أن جزء من خلافه مع مبارك أنني طالبت بحزب للإخوان السلمون" .
وابدي تخوفه من التيار السلفي والإخوان المسلمون والمجلس العسكري وفلول النظام السابق علي ثورة يناير .
واختتم حديثه موضحا أن السلفيين كانوا يقولون أن "السياسة نجاسة" وفجأة أصبحوا يمارسون السياسة ويطالبون بنصيبهم، بعد أن كانوا صامتين طوال فترة نظام مبارك.