أكدت الجماعة الإسلامية استنكارها الاعتداء على دور العبادة، ورفضت بشدة تحول أماكن العبادة إلى ساحات للصراع وتصفية الخلافات،كما أعلنت الجماعة رفضها محاولة الزج بأقباط مصر فى القضية عبر تهديدهم بضرب كنائسهم وقتل من فيها تذرعاً بحالة الاحتقان الطائفى . وشددت الجماعة فى بيان لها بعنوان" هل فعلتها القاعدة فى العراق"، أن الحل لقضايا الاحتقان الطائفى لن يكون إلا فى الإطار العام للدولة المصرية وعبر مؤسساتها الرسمية، مؤكدين أن دور العبادة خط أحمر لا ينبغى الاقتراب منه فضلاً عن تجاوزه واختراقه، موضحين أن الإسلام صان دماء الأقباط وأموالهم وأعراضهم ودور عبادتهم. وأوضحت الجماعة فى بيانها أن عدم نفى أو إثبات القاعدة لما حدث فى كنيسة سيدة النجاة فى بغداد، يثبت للرواية الرسمية العراقية من ضلوع تنظيم القاعدة فى الاعتداء على الكنيسة، والتسبب فى شلال الدماء الذى تفجر فى أرجائها مخلفاً وراءه ما يقرب من ثمانية وخمسين قتيلاً معظمهم من المصلين الذين لجأوا إلى الكنيسة طلباً للعبادة والصلاة . وقالت الجماعة " لم يكن هؤلاء ليقتلوا، وما أعانت الشريعة الإسلامية الغراء السمحاء على قتل المصلين، ولا طلبت منا الاعتداء على دور العبادة ولا ترويع الآمنين، ولا بث الخوف والذعر فى أرجاء المجتمع ولا سفك الدماء الحرام التى صانتها الشريعة". وعبرت الجماعة عن أملها أن تخرج القاعدة فى أقرب وقت أنها غير مسئولة عن المجزرة التى وصفتها بالبشعة احتراماً للإسلام ولقيمه النبيلة، مستشهدا بعدد من الآيات القرآنية والأحاديث النبوية، متسائلين عن السبب وراء اختيار القاعدة ترويع المصلين الآمنين والاعتداء عليهم دون سند من دين أو خلق؟ مستنكرين ما حدث، معتبرين أن القاعدة تؤخر وتفسد أى جهد يبذل لتصحيح صورة الإسلام. وقالت الجماعة الإسلامية " الرسول -صلى الله عليه وسلم- لا يرضى لنا أن نتحول إلى سفاكى دماء وأصحاب سير سوداء فى إبادة الشعوب والتنكيل بهم" مشددا على أن الرسول نهى عن قتل النساء؛ واستشهد بقوله – صلى الله عليه وسلم- اغْزُوا جمِيعًا فِى سبِيلِ اللهِ، فقاتِلُوا منْ كفر بِاللهِ، لا تغُلُّوا، ولا تغْدِرُوا، ولا تُمثِّلُوا، ولا تقْتُلُوا ولِيدًا، فهذا عهْدُ اللهِ وسِيرةُ نبِيِّهِ فِيكُمْ"، كما استشهد البيان بعدد من المواقف لصحابة الرسول.
