استنكرت الجماعة الإسلامية في مصر الاعتداء على دور العبادة المسيحية ،معلنة رفضها لتحويل أماكن العبادة إلى ساحات للصراع وتصفية الخلافات وقالت الجماعة فى بيان لها الأربعاء تحت عنوان" هل فعلتها القاعدة في العراق"، أنها ترفض بشدة محاولة الزج بأقباط مصر في القضية عبر تهديدهم بضرب كنائسهم وقتل من فيها تذرعاً بحالة الاحتقان الطائفي . وأضاف البيان أن الحل لقضايا الاحتقان الطائفي لن يكون إلا في الإطار العام للدولة المصرية وعبر مؤسساتها الرسمية، مؤكدين أن دور العبادة خط أحمر لا ينبغى الاقتراب منه فضلاً عن تجاوزه واختراقه، موضحين أن الإسلام صان دماء الأقباط وأموالهم وأعراضهم ودور عبادتهم. ورأت الجماعة الإسلامية أن تجاهل تنظيم القاعدة لما حدث فى كنيسة "سيدة النجاة "فى بغداد، قد يثبت الرواية الرسمية العراقية من ضلوع تنظيم القاعدة فى الاعتداء على الكنيسة، والتسبب فى شلال الدماء الذى تفجر فى أرجائها مخلفاً وراءه ما يقرب من ثمانية وخمسين قتيلاً معظمهم من المصلين الذين لجأوا إلى الكنيسة طلباً للعبادة والصلاة . وقالت الجماعة " لم يكن هؤلاء ليقتلوا، وما أعانت الشريعة الإسلامية الغراء السمحاء على قتل المصلين، ولا طلبت منا الاعتداء على دور العبادة ولا ترويع الآمنين، ولا بث الخوف والذعر فى أرجاء المجتمع ولا سفك الدماء الحرام التى صانتها الشريعة". وعبرت عن أملها أن تخرج القاعدة فى أقرب وقت لتعلن أنها غير مسئولة عن المجزرة التى وصفتها بالبشعة احتراماً للإسلام ولقيمه النبيلة، مستشهدا بعدد من الآيات القرآنية والأحاديث النبوية، متسائلين عن السبب وراء اختيار القاعدة ترويع المصلين الآمنين والاعتداء عليهم دون سند من دين أو خلق؟ مستنكرين ما حدث، معتبرين أن القاعدة تؤخر وتفسد أى جهد يبذل لتصحيح صورة الإسلام. واختتم البيان بقوله " الرسول -صلى الله عليه وسلم- لا يرضى لنا أن نتحول إلى سفاكى دماء وأصحاب سير سوداء فى إبادة الشعوب والتنكيل بهم" مشددا على أن الرسول نهى عن قتل النساء؛ واستشهد بقوله – صلى الله عليه وسلم- اغْزُوا جمِيعًا فِى سبِيلِ اللهِ، فقاتِلُوا منْ كفر بِاللهِ، لا تغُلُّوا، ولا تغْدِرُوا، ولا تُمثِّلُوا، ولا تقْتُلُوا ولِيدًا، فهذا عهْدُ الله"