هناك ثلاث مواد تتعلق بالقوات المسلحة في الدستور، ويثار حولها جدل كثير وشد وجذب بين ما تريده "القوى الثورية" وما تداولته الأخبار عن التصويت النهائي لهذه المواد من لجنة الخمسين للدستور. المادة الأولى: "وزير الدفاع هو القائد العام للقوات المسلحة، ويعين من بين ضباطها بعد موافقة المجلس الأعلى للقوات المسلحة". وقد قامت لجنة الخمسين بإقرار المادة مع وضع تعديل عليها، حيث قررت أن "يكون تعيين وزير الدفاع بعد موافقة المجلس الأعلى للقوات المسلحة لدورتين رئاسيتين كاملتين تبدأ من تاريخ العمل بالدستور". المادة الثانية: "لا يجوز محاكمة مدني أمام القضاء العسكري إلا في الجرائم التي تمثل اعتداء مباشر على القوات المسلحة، ويحدد القانون تلك الجرائم، ويبين اختصاصات القضاء العسكري الأخرى". وقد قامت لجنة الخمسين بالتعديل على هذه المادة، وجرى التصويت على المادة لتنص على "حظر المحاكمات العسكرية للمدنيين فيما عدا الجرائم المتعلقة بالاعتداء على المنشآت والقوات المسلحة فقط بالشكل الذي ينظمه القانون"، إلا أن المادة حتى اللحظة لم تحصل على النسبة الخاصة بالتصويت النهائي، ولم يتم إقرارها بعد. المادة الثالثة: "ينشأ مجلس للدفاع الوطني، ويختص بالنظر في الشؤون الخاصة بوسائل تأمين البلاد وسلامتها، ومناقشة موازنة القوات المسلحة، وتدرج رقم واحد في الموازنة العامة للدولة". وقد أوضحت لجنة الخمسين عن اتجاه نحو التوافق، على أن يتم "عرض موازنة الجيش على البرلمان برقم واحد". وقد استطلعت «بوابة الشروق» رأي كل من الأستاذ حافظ أبو سعده، رئيس المنظمة المصرية لحقوق الإنسان وعضو المجلس القومي لحقوق الإنسان، والأستاذ جمال عيد؛ مدير الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان حول المواد الثلاث، واتجاهات لجنة الخمسين في إقرارها. وقد أوضح "أبو سعدة" أن من حق القوات المسلحة اختيار وزيرها قياسا على اختيار القضاء لممثليه، قائلا إن هذا أمر "منطقي"، ويمكن أن يُقر، حتى تغير النظام العسكري في المستقبل، ليتولى الوزارة وزير سياسي، بينما تصبح الرتبة الأعلى بالقوات المسلحة هي رئيس الأركان والتي يتولاها "عسكري". وحول موقفه من محاكمة المدنيين أمام المحاكم العسكرية أكد "أبو سعده" بأن موقفه ثابت من رفض هذا الأمر تماما، مؤكدا أن القضاء المدني قادر على حسم قضايا الاعتداء على منشآت عسكرية، مؤكدا أن الاعتداء على مجلس الوزراء مثل الاعتداء على وزارة الدفاع، منوها فقط إلى ضرورة إنجاز القضايا التي تخص المنشآت العسكرية في وقت أسرع. أما عن إدراج ميزانية القوات المسلحة كرقم واحد في ميزانية الدولة ومناقشتها أمام مجلس الدفاع الوطني، فقد صرح "أبو سعده" بأنه لا يعارض إدراجها كرقم واحد بالميزانية العامة للدولة، إلا أنه يطالب بمناقشة الميزانية أمام لجنة الأمن بالبرلمان، مؤكدا أن ذلك في مصلحة الجميع، كما أنه "يبطل الشائعات التي خرجت ضد المؤسسة العسكرية، ويؤكد على نزاهتها كذلك". في الوقت نفسه أكد جمال عيد ل"بوابة الشروق" أنه "لو خرجت هذه المواد من لجنة "منتخبة" لكنا ثرنا عليها، ولكن أن تخرج المواد بهذا السوء من لجنة معينة، ترسّخ فكرة أن الجيش دولة داخل الدولة". وأضاف "عيد" أن وزير الدفاع منصب سياسي، ويجب أن يعينه رئيس الجمهورية، كما أن "ميزانية القوات المسلحة يجب أن تعلن بعيدا عن البنود التي تحوي أسرارًا عسكرية".
