نفى البابا شنودة الثالث بابا الاسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية ما تردد عن وجود أسلحة في الكنائس، مشيرا إلى أن هذا الموضوع يتم إثارته بين حين وآخر بلا دليل وسط المزاعم التى تثير الجماهير وقال إنه لا يوجد لها أي دليل وأنه من غير المعقول أن تدخل الأسلحة الكنائس والدولة لا تعلم بها. وأشار البابا شنودة، في الجزء الثاني من حديثه لبرنامج "وجهة نظر" الذي يقدمه الإعلامي عبد اللطيف المناوي رئيس مركز أخبار مصر بالتليفزيون المصري وأذيع مساء الاثنين، إلى أن البعض ادعى في أحد المرات أن الكنائس ترسانة للأسلحة برغم أن كافة الكنائس مفتوحة ويدخلها الجميع بدون عائق وقال "إخوتنا المسلمون وهم أحباؤنا يدخلونها ويشاركوننا في أفراحنا وأحزاننا كما أن الأديرة يدخلها أي إنسان على اعتبار أنها آثار ويشاهدونها من الداخل". وأضاف البابا شنودة "منذ أكثر من 39 عاما لم يدخل أحد كنيسة من الكنائس ووجد سلاحا وهذا الموضوع طرح منذ 20 عاما وقلت لهم أن القبطي لا يحمل سلاحا إلا في حالتين، إذا كان يخدم في الشرطة، أو في القوات المسلحة وفي هذه الحالة يحمل سلاح الدولة وليس سلاحه الخاص"، مؤكدا أن هذا الموضوع برمته قد تم فتحه للاثارة ولتهييج الناس ولا دليل عليه. وردا على سؤال عما إذا كانت الكنسية المصرية تحترم القوانين وأحكام القضاء المصرى ولماذا نسب إليها عدم تطبيق حكم قضائي ضد العقيدة الدينية، قال البابا شنودة الثالث "نحن نحترم ونطبق أحكام القضاء المصرى 1000 %"، مشيرا إلى أن القاضى يحكم ولكن ليس عليه أن يحرم انسان على غير دينه من شىء موجود في جوهر عقيدته، وأن الشريعة الإسلامية تقول "احكم بينهم (غير المسلمين) بما يدينون به".