أكد الانبا بيشوي سكرتير عام المجمع المقدس انه يكن كل احترام وتقدير إلي الإسلام والمسلمين وانه لم يهاجم الاسلام او يشكك في احد النصوص القرآنية عندما تحدث عن انه »لقد كفر الذين قالوا ان الله هو المسيح ابن مريم« وذلك خلال مناقشاته في منزل السفير المصري في قبرص مشيرا إلي ان وسائل الاعلام حرفت حواره واتهمته بالتشكيك في القرآن الكريم مؤكدا ان له مواقف عديدة تتصدي لاي هجوم علي الدين الاسلامي. جاء ذلك في المؤتمر الصحفي الذي عقده الانبا بيشوي عقب محاضرته التي القاها في مؤتمر العقيدة الذي يعقد في دير الانبا ابرام بالفيوم بعنوان »الميديا وتأثيرها علي الايمان والعقيدة«. واشار الي ان كلامه اسيئ تفسيره واكد انه يؤمن بأنه عن طريق التفاهم بين الاخر يمكن حل اية خلافات وأكد بأنه دائما يدافع عن الاديان الاخري خاصة الدين الاسلامي وسبق اعلان ذلك في العديد من اللقاءات الدولية قبل مجلس الكنائس العالمي واشار ايضا الي انه طالب بالدفاع عن المقدسات الاسلامية خاصة المسجد الاقصي واننا فكرنا ككنيسة ارثوذوكسية عمل برنامج تليفزيوني نتحدث فيه الي الشعب الاسرائيلي باللغة العبرية لتوعيتهم عن حقيقة هيكل سليمان. وطالب الانبا بيشوي برفض التطرف بين الاديان والتجريح في الاخر ودلل علي ذلك بأنه سبق ان رفضنا في الكنيسة الارثوذكسية والمجمع المقدس محاولات اسرائيل لادانة المقدسات الاسلامية ودعوي حرق القرآن الكريم الذي قام بها احد الموتورين الامريكيين وباءت بالفشل.