في رد فعل لتهديدات "قاعدة العراق"، قال الدكتور ناجح إبراهيم، المتحدث الرسمي باسم الجماعة الإسلامية في مصر، إن الهجوم على الكنائس وقتل المدنيين أو أخذهم رهائن أمر محرم شرعا". وأضاف أن تنظيم القاعدة لا يمثل الإسلام، مؤكدا أن "كثيرا من أفعاله (القاعدة) تسئ للإسلام لأنها تقتل المدنيين". وقال إبراهيم إن "تدخل القاعدة أساء إلى الطرف الإسلامي ووضعه في حرج شديد". وأوضح إبراهيم أن تنظيم القاعدة بالعراق "ليس بإمكانه تنفيذ تهديداته ضد الأقباط في مصر"، واصفا ما صدر عن القاعدة بأنه "تصريح ورقي ودغدغة لمشاعر المسلمين البسطاء ولكن مصر محفوظة". وأكد المتحدث باسم الجماعة الإسلامية أن مشاكل مصر تحل داخلها وليس خارجها ومصر قادرة على حل أزماتها، مشيرا إلى أنه بالرغم من أي خلافات بين المسلمين والأقباط فهي خلافات عابرة تنتهي بالتفاهم و الود. كما أدانت جماعة الإخوان المسلمون اليوم الثلاثاء تهديدات تنظيم القاعدة بالعراق ضد أقباط مصر، معتبرة أنها "تهديدات حمقاء" و"تسئ إلى الطرف الإسلامي" وأن حماية دور العبادة هي مهمة الأغلبية المسلمة. وأوضحت الجماعة في بيان رسمي صدر اليوم: "يرفض الإخوان المسلمون أي تهديدات حمقاء لدور العبادة المسيحية في مصر من أي جهة كانت ولأي ذريعة تكون، ويعلنون أن الدولة المصرية والشعب المصري كله مطالب بحماية كل دور العبادة للمؤمنين من كل الأديان السماوية". وأكدت الجماعة أن "حماية دور العبادة لكل أبناء الرسالات السماوية هي مهمة الأغلبية المسلمة وأن الاعتداء على دور العبادة جريمة لا يقرها الإسلام ويعاقب بأشد العقوبات أي مرتكب لها". واستنكرت جماعة "الإخوان المسلمون" الجريمة التي وقعت في العراق ضد كنيسة سيدة النجاة التي أدت المقتل أكثر 60 شخصا، وقالت إن "هذه الجريمة لا تقرها شريعة الإسلام، ولا الخلق الإنساني القويم ولا القيم التي تعارفت عليها البشرية". وحملت الجماعة "الاحتلال" الأمريكي مسئولية الجرائم الطائفية في العراق، معتبرة أنه رسخ للفتن الدينية والطائفية والمذهبية.
