وافقت لجنة نظام الحكم بالجمعية التأسيسية للدستور على ضم القضاء العسكري لباب السلطة القضائية بعد مناقشات طويلة وخلاف بين أعضاء اللجنة حول ضمه للسلطة القضائية أو بقائه في باب القوات المسلحة، كما انتهت اللجنة في اجتماعها، الإثنين، والذي استمر قرابة ال5 ساعات، من صياغة مواد السلطة القضائية بصورة نهائية تمهيدًا لعرضها على لجنة الصياغة. وقال الدكتور محمد محيي، عضو اللجنة، إن اللجنة حسمت أزمة القضاء العسكري بالموافقة على وضعه في فصل السلطة القضائية، على أن يختص القضاء العسكري بالفصل في كل القضايا المتعلقة بالقوات المسلحة وأفرادها على النحو الذي يحدده القانون. وأضاف «محيي» في تصريحات صحفية أنه تم استحداث فقرة تسمح بالطعن أمام دائرة خاصة بمحكمة النقض على الأحكام النهائية الصادرة من المحكمة العسكرية، بالإضافة إلى إضافة فقرة تعطي للقضاة العسكريين نفس ضمانات وحصانات وحقوق وواجبات نظرائهم في القضاء العادي. وأوضح «محيي» أن اللجنة أضافت فصلًا مخصصًا للنيابات يشمل مادة لكل من النيابة العامة والنيابة الإدارية والنيابة المدنية، يحدد فيه الاختصاصات الأصلية لكل منها، وترك باقي الاختصاصات للمشرع لتحديدها، علاوة على إضافة فصل آخر يحتوي على الأحكام العامة التي تضمن حصانة أعضاء السلطة القضائية، وتلزم المشرع بإصدار قواعد للتعيين والترقي بما يحقق العدالة. وتابع أن «هناك ميلًا داخل اللجنة للموافقة على المقترح الخاص بالرقابة السابقة للمحكمة الدستورية العليا على القوانين، والذى سبق إقراره داخل اللجنة خلال مناقشة السلطة التشريعية، والذى ينص على (قصر رقابة الدستورية العليا السابقة على قوانين الانتخابات الرئاسية والبرلمان والمحليات)». وكشف المستشار نور الدين على، عضو اللجنة، عن أن التصويت لصالح ضم القضاء العسكري لباب السلطة القضائية، جاء بنسبة متقاربة جداً مع رأى الرافضين، وقال إنه رغم حسم اللجنة وضع القضاء العسكري، إلا أنها قررت إرسال مادتين إلى لجنة الصياغة، الأولى مفادها أن القضاء العسكري يختص بالفصل فى كل الجرائم الصادرة من العسكريين، والثانية أن القضاء العسكري هيئة قضائية مستقلة تختص بالفصل فى كل المنازعات بين أفراد القوات المسلحة.
