رفض "التحالف المصرى للأقليات"، أساليب المعالجة للحوادث الطائفية فى مصر وآخرها حادث رفح، بعد ظهور أجهزة الدولة التنفيذية والأمنية بالعجز فى مواجهة الاعتداءات التى يتعرض لها الأقباط على أيدى جماعات وأفراد معروفين أو مجهولين هددوا أقباط رفح، متهما الأجهزة الأمنية بشبهة التواطؤ بالصمت وغض البصر عن هذه الجرائم، خاصة إذا كانت الأجهزة ذاتها تتحرك بكل حزم وعلى نحو يصل أحياناً إلى حد البطش إذا كان المعتدى من غير الجماعات الإسلامية أو المتحالفين معهم أو من غير المسلمين. وأعرب التحالف، فى بيان له اليوم حصل "اليوم السابع" على نسخة منه، عن قلقه تجاه المسئولين فى الحكومة، والتى لا تنم عن تقدير سليم على ما يبدو لخطورة ما يحدث على البلاد ومستقبلها، وكذلك التغطية الإعلامية لهذه الحوادث والتى تكشف عن تغير عميق فى القيم الحاكمة لسلوك القائمين على أجهزة الإعلام على جميع المستويات، خاصة التغييرات الأحدث للقيادات الإعلامية فى الصحف الرسمية دفعت إلى مواقع القيادة لوجوه معروفة بمواقفها الطائفية. وطالب الاتحاد بالالتزام بالمواطنة كأساس يحكم العلاقة بين المصريين وبعضهم والعلاقة بينهم وبين الدولة، خاصة بعد الترويع المنظم للأقباط والتصريح بأن الأسر المسيحية فى رفح تركت بيوتها طواعية أو بتعليمات من الكنيسة لتأمينهم، مؤكدا أن تجاهل الأسباب الحقيقية هى التى تؤدى لتلك الأعمال، وصورت الأمر وكأنه هجرة طوعية لا يمكن تفسيره إلا كتواطؤ من جانب المسئولين أو عجز فى مواجهة المتطرفين والجناة المعتدين على ممتلكات خاصة لمواطنين. ورحب التحالف بتعهد شيوخ العشائر فى سيناء بحماية الأسر المسيحية فى رفح فى اجتماع مع قادة من الجيش والأجهزة الأمنية، ورفض أيضا هذه الطريقة فى معالجة هذا الحادث الخطير، مطالبا الرئيس مرسى بمعاقبة المعتدين وتقديمهم للعدالة، وألا يخشى من هذه الجماعات التكفيرية لاسيما أن بعضهم أفتى بالفعل بكفره، وأن يتعهد بأن يكون رئيسا للمصريين مضيفا: "ولكن إلى الآن لا يوجد ما يشير إلى وفائه بهذا التعهد".
