قال محمد رفاعة الطهطاوي، رئيس ديوان رئيس الجمهورية الأسبق، خلال شهادته في قضية التخابر مع قطر، إن "رسائل الجهات السيادية كانت تعرض على الرئيس إما بطريقة بطريقة مباشرة أو من خلال مدير مكتبه ولم تكن تعرض عليه". وحضر الطهطاوي من محبسه للإدلاء بشهادته، أمام محكمة جنايات القاهرة المنعقدة بأكاديمية الشرطة برئاسة المستشار محمد شرين فهمي، مرتديًا بدلة السجن الزرقاء، ليسأله القاضي عن سبب ارتدائها، فأجاب بأنه "محكوم عليه في قضيتين أولهما السجن 3 سنوات في واقعة «استغلال نفوذ» والثانية السجن 7 سنوات في قضية «التخابر مع حماس»، فقال رئيس المحكمة، إنه "وفقا لقانون الإجراءات الجنائية سيتم سؤال الماثل على سبيل الاستدلال". وأكد الطهطاوي، أنه "يجمعه بالرئيس المعزول علاقة صداقة منذ شهر إبريل 2011، وأنه شغل منصب رئيس ديوان رئيس الجمهورية بعد اتصال من مرسي في يوم 8 أغسطس 2012، عبر له فيه عن رغبته في توليه ذلك المنصب، فوافق الطهطاوي وبدأ عمله في اليوم التالي مباشرًا بعد صدور قرار الجمهوري بتعينه". وتابع: "كنت مسؤولا عن البريد الذي يصل للديوان وادارة مؤسسة الرئاسة وما يتعلق بها من قصور ومباني وسيارات والموظفين وإلاشراف على الأمناء الذين يتولون استقبال الضيوف والإشراف على كبير الياوران". وأكد الطهطاوي، أن "مراسلات الجهات السيادية ومنها وزارات الدفاع والداخلية والخارجية والمخابرات العامة والحربية لم تكن تعرض على رئيس الجمهورية من خلاله، وإنما كانت تعرض على الرئيس إما بطريقة مباشرة من رئيس الجهة المرسلة، أو عن طريق مظروف يسلم لمكتب رئيس الجمهورية مباشرة". وفي إجابته على سؤال المحكمة عن المسؤول عن عرض التقارير الخاصة بالقوات المسلحة ووزارة الدفاع، فأجاب أنه "في بعض الأحيان كان المتهم أحمد عبد العاطي مدير مكتب رئيس الجمهورية يقوم بهذا الدور، وأحيانا أخرى يقوم به قائد الحرس الجمهوري الذي شغل المستشار العسكري للرئيس، وأحيانا كبير الياوران بصفته حلقة الإتصال بين الرئيس والقوات المسلحة، وذلك نظرًا لطبيعة هذا النوع من المراسلات التي تعد وثائق عسكرية توجه"، مشيرًا إلى أنه "بعد العرض تحفظ بأرشيف سري في مكتب الرئيس". يحاكم في هذه القضية الرئيس الأسبق محمد مرسي، ومدير مكتبه أحمد عبد العاطي، وسكرتيره الخاص أمين الصيرفي و 8 أخرين، لاتهامات بتهريب الوثائق والتقارير السرية المتعلقة بأمن الدولة والصادرة من الجهات السيادية، إلى دولة قطر بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربي والسياسي والدبلوماسي والإقتصادي وبمصالحها القومية. كانت النيابة وجهت للمتهمين أنهم خلال الفترة من شهر يونيو عام 2013 حتى 2 سبتمبر 2014، داخل وخارج جمهورية مصر العربية حصلوا على سر من أسرار الدفاع عن البلاد بقصد تسليمه وإفشائه الى دولة أجنبية، بأن اختلس المتهمان مرسي وعبد العاطي التقارير والوثائق الصادرة من أجهزة المخابرات العامة والحربية والقوات المسلحة وقطاع الأمن الوطني وهيئة الرقابة الإدارية التى تتضمن معلومات وبيانات تتعلق بالقوات المسلحة وأماكن تمركزها وسياسات الدولة الداخلية والخارجية، وحازها المتهمون من الثالث حتى الحادى عشر وصورًا ضوئية منها وكان ذلك بقصد تسليم تلك الأسرار وإفشائها الى دولة قطر، ونفاذا لذلك سلموها وافشوا ما بها من أسرار الى تلك الدولة ومن يعلمون لمصلحتها.
