أكد "محمد رفاعة الطهطاوي" رئيس ديوان رئيس الجمهورية في عهد الرئيس المتهم"محمد مرسي" فى شهادته أمام محكمة جنايات القاهرة المنعقدة بأكاديمية الشرطة برئاسة المستشار محمد شيرين فهمى، فى قضية التخابر مع قطر " أن مراسلات الجهات السيادية ومنها وزارات الدفاع والداخلية والخارجية والمخابرات العامة والحربية لم تكن تعبر للرئيس من خلاله كونه رئيس ديوان رئيس الجمهورية . وأوضح "الطهطاوي بأن تلك المراسلات كانت تعرض على الرئيس إما مباشرة عبر رئيس الجهة،أو عن طريق مظروف يسلم لمكتب رئيس الجمهورية مباشرة. وأجاب على سؤال المحكمة عن المسئول عن عرض التقارير الخاصة بالقوات المسلحة ووزارةالدفاع بأنه كان مدير مكتب رئيس الجمهورية حينها وفي بعض الأحيان قائد الحرس الجمهوري والذي يشغل المستشار العسكري للرئيس ، مضيفاً بأن كبير الياوران مهمته هو حلقة الاتصال بين الرئيس والقوات المسلحة فكان يقوم بهذا الدور أيضًا.