أكد محمد رفاعة الطهطاوي، رئيس ديوان رئيس الجمهورية، في عهد الرئيس الأسبق محمد مرسي، أن مراسلات الجهات السيادية، ومنها وزارات الدفاع والداخلية والخارجية و المخابرات العامة، والحربية لم تكن تعبر للرئيس من خلاله كونه رئيس ديوان رئيس الجمهورية . وأوضح الطهطاوي خلال إفادته بمحاكمة الرئيس السبق مرسي وآخرين في "التخابر مع قطر "، بأن تلك المراسلات كانت تعرض على الرئيس إما مباشرة عبر رئيس الجهة، أو عن طريق مظروف يسلم لمكتب رئيس الجمهورية مباشرة، مشدداً في هذا الشأن على أن ذلك النوع من المراسلات كان يتوجه مباشرةً لمكتب الرئيس . وأجاب على سؤال المحكمة عن من هو المسئول عن عرض التقارير الخاصة بالقوات المسلحة، ووزارة الدفاع بأنه كان مدير مكتب رئيس الجمهورية حينها وفي بعض الأحيان قائد الحرس الجمهوري والذي يشغل المستشار العسكري للرئيس، مضيفاً بأن كبير اليواران مهمته هو حلقة الاتصال بين الرئيس و القوات المسلحة فكان يقوم بهذا الدور أيضاً. وأضاف في هذه النقطة بأن المراسلات من هذا النوع من وثائق عسكرية توجه مباشرة الى قائد الحرس الجمهوري أو كبير الياوران ليعرضوها هم بدورهم على الرئيس حينها، وتابع بأنه وبعد العرض تحفظ بأرشيف سري في مكتب الرئيس. وكان رئيس ديوان رئيس الجمهورية الأسبق قد سرد مهام عمله حينها وأكد انه كان مسئولاً عن تلقي مراسلات مؤسسة الرئاسة دون الجهات السيادة عدا وزارة العدل، وتولى شئون الرئاسة من شئون مباني وقصور وشئون تجارية واستلام أوراق اعتماد السفراء وفضلاً عن إدارة الأمناء. وأسندت النيابة إلى الرئيس الأسبق محمد مرسي وبقية المتهمين اتهامات عديدة، من بينها ارتكاب جرائم الحصول على سر من أسرار الدفاع، واختلاس الوثائق والمستندات الصادرة من الجهات السيادية للبلاد والمتعلقة بأمن الدولة وإخفائها وإفشائها إلى دولة أجنبية والتخابر معها بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي وبمصالحها القومية. كما نسبت النيابة للمتهمين طلب أموال ممن يعلمون لمصلحة دولة أجنبية، بقصد ارتكاب عمل ضار بمصلحة البلاد، والاشتراك في اتفاق جنائي الغرض منه ارتكاب الجرائم السابقة، وتولي قيادة والانضمام لجماعة إرهابية تأسست على خلاف أحكام القانون الغرض منها الدعوة إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحريات.
