أكد محمد رفاعة الطهطاوي، رئيس ديوان رئيس الجمهورية، في عهد الرئيس المعزول "محمد مرسي" خلال شهادته أمام محكمة جنايات القاهرة المنعقدة بأكاديمية الشرطة برئاسة المستشار محمد شيرين فهمى, فى القضية المعروفة إعلاميًا ب"التخابر مع قطر"، أن مراسلات الجهات السيادية ومنها وزارات الدفاع والداخلية والخارجية والمخابرات العامة والحربية لم تكن تعبر للرئيس من خلاله كونه رئيس ديوان رئيس الجمهورية. وأوضح "الطهطاوي" بأن تلك المراسلات كانت تعرض على الرئيس إما مباشرة عبر رئيس الجهة، أو عن طريق مظروف يسلم لمكتب رئيس الجمهورية مباشرة، مشددًا في هذا الشأن على أن ذلك النوع من المراسلات كان يتوجه مباشرةً لمكتب الرئيس. وأجاب على سؤال المحكمة عن من هو المسئول عن عرض التقارير الخاصة بالقوات المسلحة ووزارة الدفاع بأنه كان مدير مكتب رئيس الجمهورية حينها وفي بعض الأحيان قائد الحرس الجمهوري والذي يشغل المستشار العسكري للرئيس، مضيفاً بأن كبير الياوران مهمته هو حلقة الاتصال بين الرئيس و القوات المسلحة فكان يقوم بهذا الدور أيضاً. وأضاف في هذه النقطة بأن المراسلات من هذا النوع من وثائق عسكرية توجه مباشرة إلى قائد الحرس الجمهوري أو كبير الياوران ليعرضوها هم بدورهم على الرئيس حينها، وتابع بأنه وبعد العرض تحفظ بأرشيف سري في مكتب الرئيس. وكان رئيس ديوان رئيس الجمهورية الأسبق قد سرد مهام عمله حينها وأكد أنه كان مسئولاً عن تلقي مراسلات مؤسسة الرئاسة دون الجهات السيادة عدا وزارة العدل، وتولى شئون الرئاسة من شئون مباني و قصور وشئون تجارية واستلام أوراق اعتماد السفراء وفضلاً عن إدارة الأمناء. وأسندت النيابة إلى الرئيس المعزول محمد مرسي وبقية المتهمين اتهامات عديدة، من بينها ارتكاب جرائم الحصول على سر من أسرار الدفاع، واختلاس الوثائق والمستندات الصادرة من الجهات السيادية للبلاد والمتعلقة بأمن الدولة وإخفائها وإفشائها إلى دولة أجنبية والتخابر معها بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي وبمصالحها القومية.