وصل عدد من أعضاء المجلس الأعلي للقوات المسلحة، علي رأسهم اللواء سعيد العصار واللواء عادل عمارة إلى كاتدرائية العباسية، لحضور مراسم توديع قداسة البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية. كما حضر اللواء حمدي بدين قائد قوات الشرطة العسكرية للإشراف علي عملية تأمين الكاتدرائية.
وينقل جثمان البابا شنودة بعد الجنازة بسيارات تابعة للقوات المسلحة إلى مطار ألماظة العسكري، حيث ينقل بطائرة عسكرية إلى دير الأنبا بيشوي بوادي النطرون، حيث أوصى بدفنه هناك.