وصل الدكتور عبد القوي خليفة، محافظ القاهرة، والدكتور علي عبد الرحمن، محافظ الجيزة، إلى كاتدرائية العباسية، لحضور مراسم توديع قداسة البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية. وينقل جثمان البابا شنودة بعد الجنازة بسيارات تابعة للقوات المسلحة إلى مطار ألماظة العسكري، حيث ينقل بطائرة عسكرية إلى دير الأنبا بيشوي بوادي النطرون، حيث أوصى بدفنه هناك.