لم تكن المشاركة البروتوكولية لمرشدي جماعة الإخوان المحظورة السابق والحالي في عزاء د.محمد سيد طنطاوي شيخ الأزهر كافية وحدها لتجميل موقف الجماعة المعادي لرأس المؤسسة الدينية الرسمية أو المؤسسة نفسها. العداء الإخواني للمؤسسة الرسمية المصرية يتضح من عشرات الأدوات البرلمانية التي استخدمها نواب الجماعة في البرلمان ضد شيخ الأزهر مطالبين فيها بعزله من منصبه بدعوي أنه أساء للمنصب الرفيع، كما يتضح من المطالب اللاحقة علي وفاته بجعل اختيار شخص شيخ الأزهر بالانتخاب بدلا من التعيين. يرجع موقف المحظورة من المؤسسة الدينية إلي رغبة الجماعة في طرح نفسها كبديل ديني للمؤسسة في الشارع رغم أن دور الأزهر لا يقتصر علي الداخل المصري فقط، وإنما يمتد إلي الإسلام السني علي مستوي العالم. دعوة الإخوان إلي انتخاب شيخ الأزهر شبهها رشاد البيومي عضو مكتب الإرشاد بالجماعة بانتخاب رأس المؤسسة الدينية المسيحية البابا وقال: إن تعيين شيخ الأزهر كان سببا في فساد الحياة السياسية والدينية في مصر، واقترح محمد سعد الكتاتني عضو مكتب الإرشاد أن يختار مجمع البحوث الإسلامية ثلاث شخصيات يري فيها الكفاءة للمنصب يختار رئيس الجمهورية واحدًا منهم. بعد آخر من وجهة النظر الإخوانية كشفه القيادي الإخواني جابر قميحة عندما دعا لأن تكون عملية اختيار شيخ الأزهر غير مقصورة علي المصريين وحدهم وأن يشارك فيها المسلمون علي مستوي العالم من خلال مؤتمر عالمي يشارك فيه جميع العلماء ليختاروا من بينهم واحدا للمنصب. قميحة كشف أيضًا من بين ما كشف عداء الجماعة لشيخ الأزهر المتوفي إذ استنكر الموقف الرسمي والإعلامي من الاحتفاء بشيخ الأزهر قائلاً: لا أعلم سر كل هذا الاحتفاء به وهو لم يكن شخصا كهنوتيا! الدعوة إلي تدويل منصب شيخ الأزهر تبناها محمد علي بشر عضو مكتب الإرشاد الذي طالب بأن يكون الاختيار عبر منظمة المؤتمر الإسلامي علي أن يشارك في الاختيار جميع علماء المسلمين. عداء الإخوان لشيخ الأزهر الراحل سببه موقفه من أزمة النقاب وفتواه السابقة الخاصة بحجاب الفرنسيات، غير أن القيادي الإخواني المجمد عبدالستار المليجي قال: إن هذا الاتجاه ليس سائدًا بالنسبة لكل عناصر الجماعة وإنما ينحصر في نطاق ضيق الأفق منهم. وقال المليجي: إن شيخ الأزهر الراحل له مواقف عديدة جليلة ويكفي أنه لم يتخذ موقفا وهو غير مقتنع به وراض عنه تماما. نفس الموقف اتخذه عبدالمنعم أبوالفتوح عضو مكتب الإرشاد المبعد إذ قال إن الشيخ محمد سيد طنطاوي رحمه الله كان واحدا من أكثر علماء الإسلام استنارة وأنه شخصيا تعلم منه كثيرا ويعتز بذلك.
