ترميم المجمع العلمى تم على أكمل وجه وإذا كانت مؤسسة من نيويورك قد تعهدت بعملية الترميم لم تكن لتقيمه بهذا القدر من الكفاءة.. هكذا قال المسئولون عن رئاسة المجمع، بينما يرى الأثريون أن عملية إعادة البناء والترميم تسببت فى سحب صفة أثر عن المجمع العلمى.فى نبرة يشوبها الضيق والألم إذا ما يثار من شائعات حول المجمع العلمى نفى د. إبراهيم بدران رئيس المجمع العلمى ما تردد حول الخلافات التى أثير بشأنها استلام المجمع العلمى قائلاً إنه سيتم تسليم المجمع العلمى من الهيئة الهندسية بالقوات المسلحة بعد أن انتهت من عمليات البناء والترميم فى الموعد المحدد وأن رئيس المجمع سيستلم كل جزء تم الانتهاء من ترميمه، وأشار إلى أن الهيئة الهندسية بالقوات المسلحة قامت بإعادة بناء المجمع العلمى على أكمل وجه. وأضاف قائلاً إنه لو كانت قامت على ترميم المجمع العلمى مؤسسة من نيويورك لم تكن لتقيمه أفضل مما أقامته الهيئة الهندسية. وأضاف أنه تم إدخال خمسة آلاف مجلد للمجمع حتى الآن، وقال بدران إن هدف تلك الاشاعات زعزعة الأمن والاستقرار، واتهم بدران الإعلام بأنه يختلق الأزمات قائلاً «كفاكم حرقاً لمصر»، وتساءل أين كان الإعلام عندما تعرض المجمع الشهر الماضى للسرقة؟ وفى تأكيد من قبل وزارة الآثار برفضها استلام المجمع العلمى بعد ترميمه قال: نور عبد الصمد مدير عام التوثيق الأثرى بقطاع المتاحف إن وزارة الآثار ترفض استلام المجمع كمبنى أثرى موضحاً أن المبنى بعد الحريق والتلف الذى لحق به لم يعد أثرياً فقد طمست جميع ملامحه الأثرية. وقال إن ترميم أى مبنى أثرى يخضع لمعايير معينة حيث يكون لها مقومات تتعلق بالحفاظ على الطابع الأثرى إلا أنه مع الأسف عند القيام بعملية الترميم والتجديد تم العبث به، لذا رفضت الوزارة استلامة لأنه أصبح كأى مبنى مقام على الطريقة الحديثة. وأشاد عبد الصمد إلى أنه يفضل هدم المبنى بالكامل وإقامة مبنى علمى جديد مثل مبنى المجمع العلمى بمدينة السادس من أكتوبر. وعن دور وزارة الآثار واشتراكها بلجنة للاشراف على عمليات الترميم قال أن الوزارة بالفعل قامت بتشكيل لجنة من رئيس قطاع الآثار الإسلامية محسن سيد، واللواء محمد الشيخه رئيس قطاع المشروعات لتولى الاشراف الفنى والهندسى على الترميم إلا أنه قد تم تهميش دورهما وصرح د. زين عبد الهادى رئيس دار الوثائق القومية المصرية أنه فى الوقت الحالى تتم عملية نقل الكتب إلى المجمع العلمى وقد تم نقل 2000 كتاب فى حين سيتم ترميم 20 ألف كتاب موضحاً أن عملية نقل الكتب سوف تستغرق ستة أشهر فى حين ستستغرق عملية الترميم ما لا يقل عن عشر سنوات. وأن الدولة دعمت عمليات الترميم بشكل مادى يقدر بستة ملايين جنيه فى حين وصلت تبرعات عينية على هيئة أجهزة ومواد خاصة بالترميم لتصل إلى مليون جنيه تقريباً، أما عن تبرعات أحد الأمراء العرب فقال: إنه سيتبرع ب 17 ألف كتاب من مكتبته الخاصة للمجمع العلمى. وأكد عبد الهادى أن عملية نقل الكتب للمجمع مؤمّنة بشكل كامل حيث تم بإشراف لجنة مشكلة من دار الكتب والمجمع العلمى. وقال د. محمد الكحلاوى أستاذ العمارة والآثار الإسلامية إن مبنى المجمع العلمى لا ينتمى للآثار لعدة أسباب، لأنه تمت إعادة بنائه بشكل حديث ولم تقم وزارة الآثار بالاشراف عليه وأضاف أن قرار وزارة الآثار بعدم استلام المبنى صحيح مائة فى المائة ولتلاشى حدوث ذلك كان لابد من الاشراف الكامل لوزارة الآثار على عملية الترميم، وعمليات الترميم التى تمت جعلت المبنى غير منتم للآثار نظراً لاستخدام الخرسانة المسلحة فى عمليات الترميم.