قال المتحدث باسم وزارة الصحة الدكتور خالد مجاهد، إنّ مركز النديم استصدر ترخيصًا باعتباره "عيادة مشتركة نفسية وعصبية" من الإدارة المركزية للمؤسسات العلاجية غير الحكومية، والترخيص بوزارة الصحة عام 2003، ولوحظ منذ فترة أن العيادة حوّلت نشاطها إلى مركز تأهيل لضحايا العنف دون طلب تغيير الترخيص الممنوح لها في مخالفة قانونية صريحة للمادة 13 من القانون رقم 153 لسنة 2004. وأضاف مجاهد في بيان، أنّ العيادة ارتكبت مخالفتين؛ الأولى هي تغيير المسمى من عيادة إلى مركز، حيث إنّ التراخيص الخاصة بكل حالة تختلف عن الأخرى، والثانية تغيير النشاط من نشاط طبي إلى نشاط حقوقي وهو الأمر الذي اقتضى إغلاق المنشأة وفقًا للقانون رقم 153 لسنة 2004 والذي ينص على سحب ترخيص أي منشأة طبية تخالف الشروط التي حصلت بموجبها على الترخيص ومن أبرزها تغيير النشاط وتغيير المسمى. وأوضح أنّه تم إخطار العيادة وتوجيه إنذار لها لتصحيح هذا الوضع، إلا أنّ المهلة انتهت دون أن يتم تصحيح الأمر ما ترتب عليه إصدار قرار الإغلاق. وأشار إلى أنّه إذا كان هناك رغبة لدى المركز في تسجيل نفسه كمنظمة حقوقية فمن حقه اللجوء إلى الإجراءات القانونية المنظمة لعمل تلك المنظمات وعدم التحايل أو الالتفاف علي تلك القواعد. يذكر أّنّه في شهر يونيه من العام 2004، مرت لجنة من المؤسسات العلاجية غير الحكومية والترخيص على المنشأة المذكورة في إطار حملاتها المستمرة على المنشآت الطبية الخاصة، فوجدت أن المركز يمارس نشاطًا غير الممنوح له الترخيص فأغلقته إداريًا لمدة شهر في تلك الفترة طبقًا للمادة 11 من القانون رقم 51 لسنة 1981. وكانت وزارة الصحة قررت إغلاق مركز النديم لضحايا العنف والتعذيب، المعني بتوثيق انتهاكات حقوق الإنسان وعلاج ضحايا التعذيب، يوم 17 فبراير.