ظهرت الانقسامات التى تعانى منها مشايخ الصوفية واضحة فى عجز إعلان المشيخة العامة للطرق الصوفية عن موقف واضح تجاه المرشحين للرئاسة، مما دفع الدكتور عبدالهادى القصبى، شيخ مشايخ الصوفية، إلى القول إن الصوفية ليس لهم مرشح بعينه، وإن لكل شيخ صوفى وأتباعه من المريدين حرية الاختيار وفقاً لقناعاتهم. وكانت الخلافات نشبت بين مشايخ الصوفية، لعجزهم عن التوافق على مرشح واحد؛ ففى حين أعلن الشيخ علاء أبوالعزايم، وأتباعه فى الطريقة العزمية، عن تصويتهم للفريق أحمد شفيق؛ مرجعين أسبابهم إلى أنه «صوفى ومن أسرة صوفية وينتسب للإمام على والسيدة فاطمة، وسيعيد إحياء الخلافة الإسلامية»، قال الشيخ عبدالخالق الشبراوى، شيخ الطريقة الخلوتية الشبراوية، إنه سيؤيد حمدين صباحى، وطالب بأن يكون صباحى المرشح الرسمى للبيت الصوفى؛ خصوصاً «لأنه ناصرى ولا ينتمى لأى تنظيم دينى والوحيد القادر على بناء الدولة المدنية الحديثة، وهو الشخصية الثورية الوحيدة بين المرشحين وكان من أبرز الذين نزلوا ميدان التحرير، وظل بين شباب المتظاهرين حتى سقط مبارك ونظامه»، حسب قوله. ورفض الشيخ طارق الرفاعى، شيخ الطريقة الرفاعية، تأييد شفيق أو صباحى، معلناً اختياره ل«عمرو موسى»، ووصفه ب«رجل الدولة، الوحيد القادر على قيادة مصر فى هذه المرحلة التى تتطلب سياسياً لديه رؤية ويحظى بعلاقات طيبة فى داخل مصر وخارجها»، حسب تصريحه. وقال الدكتور عبدالهادى القصبى، شيخ مشايخ الطرق الصوفية «المشيخة تتطلع إلى انتخابات تفرز رئيساً لكل المصريين بجميع انتماءاتهم وعقائدهم الدينية والسياسية والاجتماعية، وعلى الرئيس المقبل أن يكون عادلاً لا يخشى فى الله لومة لائم»، وشدد على احترام إرادة الشعب ونتائج الانتخابات والقبول بما تفرزه صناديق الانتخابات باعتبارها تعكس إرادة الشعب صاحب السيادة. وعلى الرغم من العلاقات الطيبة التى تجمع نقيب «الأشراف» والفريق أحمد شفيق، فإنه رفض إعلان تأييده لأى من المرشحين، قائلاً «نقابة الأشراف ليست منحازة لأحد، وتعمل لمصلحة المصريين دون تفرقة، وترحب بالرئيس الذى يختاره الشعب»، وأكد على أنهم سيتعاونون معه بغض النظر عن هويته السياسية أو الدينية، وطالبه بالتمسك بشرع الله وسنة رسوله - عليه السلام - والحكم بالعدل والحق والمساواة بين المواطنين ولم شملهم ومواجهة الفقر والبطالة. وأعلنت قبائل «الأدارسة» وبعض العائلات والأسر المنتمية للأشراف فى الصعيد، خصوصاً فى أسوان، عن أنها ستصوت ل«شفيق» وأنه الأقدر على قيادة مصر.