أفردت الصحف الأجنبية، مساحات واسعة لتغطية توابع أحداث مجزرة رفح والتغييرات التى أعقبتها فى بعض القيادات المصرية، ووصف «فريدريك ألبرت» الكاتب بصحيفة «فرانس سوار» الفرنسية، الرئيس محمد مرسى بأنه الحليف الإسلامى الأفضل للجيش ولإسرائيل، ونقل عن مسئول فى المخابرات الحربية الإسرائيلية قوله إن مرسى يتصرف بمبدأ الواقعية السياسية، حيث أقال كبار المسئولين الأمنيين بعد حادث رفح فى قرار مشابه لقرار حسنى مبارك بعد مذبحة الأقصر عام 1997، ورغم أن البعض أشاع أن مرسى مجرد دمية تحركها جماعة الإخوان المسلمين، فإنه اتخذ موقفا قويا بعد الهجوم الإرهابى فى رفح، فقد أدان الهجوم وتعهد بعقاب مرتكبى الحادث واستدعى قادة الجيش واتخذ قرارا فوريا بالاتفاق مع إسرائيل على نشر قوات فى سيناء التى أصبحت ملاذا آمنا للمهربين وخلايا الجهاديين. وأضاف الكاتب أن قرارات مرسى تعكس إدراكه لأهمية السيطرة على سيناء والحدود مع إسرائيل، وضمان الأمن فى المنتجعات السياحية وعلى رأسها شرم الشيخ، وأشار إلى أن العلاقات بين مصر وحماس أصابها الفتور بعد هجوم رفح لاقتناع مرسى وقيادات الجيش أن المهاجمين جاءوا من غزة ولهذا تم إغلاق معبر رفح لأجل غير مسمى وانتهى شهر العسل القصير مع حماس. ورجحت صحيفة «روسيسكايا جازيتا» الحكومية الروسية تورط أطراف مصرية مع الموساد الإسرائيلى، ونقلت عن «يفجينى شيستاكوف» عضو المجلس الرئاسى الروسى لشئون الخارجية والدفاع قوله إن المذبحة لعبة سياسية كبيرة بدأت فى القاهرة بعد انتخاب مرسى، وأن وفاة 16 جنديا من حرس الحدود ثمن ضئيل ورمزى دفعه الجيش للحفاظ على مكانته فى الحياة السياسية المصرية، وأن الهجوم الإرهابى كان فى مصلحة جماعة الإخوان والجيش على السواء، فقد أظهر مقتل الجنود سوء تدريبهم، مما قد يمهد لاستغلال الحدث فى تنظيم احتجاجات واسعة للمطالبة باستقالة كبار الضباط فى الجيش. وأضاف «شيستاكوف» أن من الواضح أن المذبحة لم تكن مفاجأة للموساد، فقبلها بأيام دعت إسرائيل مواطنيها الموجودين فى سيناء إلى سرعة مغادرة مصر خشية حدوث هجمات إرهابية. وقالت صحيفة «هاآرتس» الإسرائيلية فى افتتاحيتها مشيرة إلى أن مذبحة رفح أدت إلى ما لم يحلم به المصريون والإسرائيليون منذ توقيع اتفاقية السلام فى عام 1978، بعد أن سمحت إسرائيل للمقاتلات المصرية فى مخالفة لبنود اتفاقية كامب ديفيد، بالتحليق قرب حدودها فى سيناء لضرب البؤر الإرهابية. وأضافت الصحيفة، أن كلا البلدين أدرك أن الواقع فى سيناء، يفرض تغيير اتفاقية السلام بينهما؛ لأن التهديدات الموجودة الآن لم تكن موجودة عام 1978، وبالتالى اتخذ البلدان القرار السليم -دون توقيع اتفاقيات- وتعاونا للقضاء على الخطر المشترك. وأفردت صحيفة «واشنطن بوست» الأمريكية، تقريرا عن نفس الموضوع، أكدت فيه أن إسرائيل لا تمانع من إعادة النظر فى زيادة حجم القوات المصرية فى سيناء، لكنها تخشى من الإقرار بذلك فى اتفاقيات رسمية، تخوفا من نوايا الحكومة الجديدة فى مصر غير الواضحة. ونقلت صحيفة «وورلد تربيون» عن مصادر لها فى القاهرة، أن الجيش وليس الرئيس محمد مرسى هو الذى أقال رئيس المخابرات السابق مراد موافى، بعد تصريحاته لصحيفة «الوطن» التى أقر فيها بعلم جهاز المخابرات بوجود هجوم محتمل على الحدود، وأضافت المصادر أن قرار عزل قائد الشرطة العسكرية حمدى بدين وإعادة هيكلة القيادات الأمنية الأخرى جاء بالتنسيق مع المشير محمد حسين طنطاوى وزير الدفاع.
