شهدت "بوابة الفجر" الالكترونية عملية إختراق لنظامها من قِبَل قراصنة الإنترنت "الهاكرز", حيث تم تحريف العديد من الأخبار على الموقع الخاص بالجريدة . وخلال أسبوع تم اختراق بوابة جريدة الفجر أكثر من مرة، ووضع مجموعة من الأخبار التى تتعلق بجهاز المخابرات العامة والحربية لتوريط الموقع فى صراع مع الجهاز .
ففى صباح اليوم الاربعاء ، فوجئنا بوجود خبر على الموقع تحت عنوان "مدير مكتب عمر سليمان يؤكد كلام مرسي", حول وجود بلطجية لجهاز المخابرات, فى الوقت الذى كان الخبر الصحيح بعنوان "مدير مكتب عمر سليمان": مرسي خياله واسع"..نافياً ما تردد عن وجود 300 ألف بلطجى تابعين للجهاز .
وكذلك الخبر الذى يحمل عنوان "ضبط أكبر شبكة دعارة في ميدان أسوان بالعجوزة يديرها "قواد" للمخابرات العامة المصرية", فهذا الخبر أيضا تم تحريف عنوانه من قِبَل "الهاكرز". وتوالت الأخبار التى تحريفها وتزييفها من قِبَل "قراصنة الإنترنت", ونذكر أيضا "خير الله لصدي البلد: اتهام المخابرات بتكوين جيش من البلطجية أمر لا يجوز على الملأ", فذل كأيضا من الأخبار المحرفة والتى تم تزييفها لجعل جريدة "الفجر" وموقعها الإلكترونى فى مواجهة جهاز المخابرات العامة والحربية .
من جانبنا نؤكد نحن القائمين على الموقع أنه لا صلة لأي اخبار مدسوسة تذكر جهاز المخابرات العامة المصرية بأي سوء ، لما له من سمعة عالمية تغنيه عن مزايدات بعض التافهين ، وتوريط صحفيي الفجر مع افضل اجهزة المخابرات فى العالم ، وجاري التصدي لمحاولة الإختراق التى تحدث على فترات متقاربة.