رفض نواب البرلمان وقيادات حزبية إقحام أو تدخل المؤسسات الدينية ممثلة فى الكنيسة والأزهر فى العمل السياسي وقالوا فى تصريحات "هذا يضر المجتمع ويحوله الى طائفى ". جاء ذلك على خلفية ما تردد عن محاولات للتحالف أو التنسيق بين بعض القوى السياسية المنتمية للتيار الدينى أو الإسلام السياسي وبين المؤسسة المسيحية. ومن جانبه شدد محمد أبو حامد النائب والقيادى بحزب المصريين الأحرار على ضرورة أن تفصل الكنيسة بين ما هو دينى وما هو سياسي ، وأن تتعامل مع كافة القوى السياسية على قدم المساواة ، وأضاف "المؤسسات الدينية يجب أن تتعامل مع السلطة بما يخدم الشعب فلا تتحالف معها خاصة فى ظل الخلاف الايديولوجى والفكرى ". ومن جانبه رفض النائب الإخواني حلمي الجزار والقيادى بحزب الحرية والعدالة الجناح السياسي لجماعة الإخوان المسلمين فكرة الخلط بين ما هو عمل سياسي وديني وأضاف "لابد أن تبتعد الكنيسة عن العمل السياسي لأنها مؤسسة محترمة لا يجب أن تتدخل هى والأزهر في العمل السياسي.
وقال النائب أحمد خليل القيادى بحزب النور السلفي "العلاقة بيننا وبين الأقباط طبيعية ولا تخرج عن نطاقها السوى وما تتناقله وسائل الاعلام يعكس افتعال لأزمات غير حقيقية على أرض الواقع ولا يجب تجاهل أن الاعلام يخلق أزمات غير موجودة على أرض الواقع مثل الحديث عن قطع الأذن وكذلك هدم الاضرحة وغيرها من القضايا."