حالة من الجدل تسود أروقة الأزهر الشريف لمحاولة كشف سر استبعاد هذه المؤسسة الدينية العريقة من المجلس الاستشاري الذي أصدر المجلس الأعلى للقوات المسلحة قرارا بإنشائه لمعاونته في أخذ القرار بصفة غير إلزامية. بالرغم من الدور المشهود الذي قامت به هذه المؤسسة بعد الثورة على يد الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر من نزع فتيل الفتنة بين الأطياف السياسية من خلال وثيقة الأزهر، والوقوف على مسافة متساوية من هذه الأطياف السياسية، وإقناع بعض المدارس السلفية برؤية الأزهر في الوساطة بينها وبين غيرها من التيارات الليبرالية والعلمانية. في غضون ذلك، أكد الدكتور ضياء رشوان نائب رئيس مركز الأهرام للدراسات الاستراتيجية والسياسية أن عدم تمثيل الأزهر في المجلس يرجع إلى أن المجلس الاستشاري ليس مجلسا ممثلا عن المؤسسات السياسية أو الدينية ولكنه مجلس اعتباري مكون من عدد من الشخصيات العامة ودوره غير إلزامي. وقال إذا تم السؤال عن سر استبعاد الأزهر من المجلس الاستشاري وعدم تمثيله به فلماذا أيضا لم تمثل الكنيسة ولماذا لم يمثل اتحاد العمال باعتباره هيئة سياسية كبيرة تعبر عن أكبر فصيل فى المجتمع!! وأشار رشوان إلى أن المجلس دوره يقتصر على إبداء الرأي في الأمور السياسية بصفة غير إلزامية ومن ثم لا ينبغي السؤال عن عدم وجود أي تمثيل للمؤسسات سواء دينية أو غيرها لأنها ستفتح الباب أمام مطالبة مؤسسات أخرى للاشتراك في المجلس. من ناحية أخرى أكد سامح عاشور نقيب المحامين ونائب رئيس المجلس الاستشاري أن الأزهر مؤسسة دينية كبيرة أكبر من كل المؤسسات ولا يجوز إقحامها فى العمل السياسي، إلا أنه استدرك بقوله إنه لا يجوز أن نقحم المؤسسات الدينية فى المجلس حتى لا يصبغ المجلس بصبغة دينية، مؤكدا أنه إذا تم تمثيل الأزهر فسوف يجب تمثيل الكنيسة. وقال عاشور إن دور المجلس يقف على مشاورة المجلس العسكري في الأمور السياسية، لافتا إلى أنه لا يوجد ممثل واحد عن أي مؤسسة في المجلس، كما أشار إلى أن اعتراض نقيب الصحفيين ممدوح الولي على عدم تمثيل نقابته في هذا المجلس جاء في غير محله ولذلك لا يجب إقحام المؤسسات في العمل السياسي حتى لا يفتح الباب على مصراعيه للمنافسة، بينها فى الانضمام إليه والتناوش على بعض المصالح والأهواء الشخصية وهو ما يبعد بالمجلس عن دوره الحقيقي. من جهته، تساءل الدكتور محمود عزب مستشار شيخ الأزهر عن سر عدم تمثيل الأزهر الشريف في المجلس الاستشاري الذي أصدر المجلس العسكري قرارا بإنشائه لمعاونته في أخذ القرار بصفة غير إلزامية، موضحا أن الأزهر لم يطلب الانضمام نظرا لمكانته الدينية والاجتماعية، معربا عن دهشته في أن يتم تجاهل الأزهر رغم الدور العظيم الذي قام به في توحيد أطياف الأمة، مؤكدا أن "الأزهر لا يجب أن يطلب ولكن يجب أن يُطلب". وقال عزب: "الذي يسأل عن ذلك ليس الأزهر لأنه لا يفرض نفسه ولكنه يرى أن عمله ونشاطه في الحياة اليومية وفي مساندة الشعب المصري وشعوب المنطقة التي تطالب بحقوقها المشروعة وفي إدارته حوار بناء ومثمر داخل مصر بين فئات الشعب المصري واتجاهاته الفكرية كلها مما أنتج وثيقة الأزهر التي اعترف العالم كله بكفاءتها كأحد أهم الأسس التي يمكن أن تبني عليها الحياة الحديثة في مصر. وأكد مستشار شيخ الأزهر أن وثيقة الأزهر التي ساهم في إنتاجها المسلمون والمسيحيون والرجال والنساء من جميع الاتجاهات الفكرية في مصر ثم إنجازه لمشروع بيت العائلة المصرية الذي مضي قدما في إعادة ضبط نمط العلاقات المصرية التاريخية التي لم تحدث خلالها حرب دينية واحدة كما كان فى أوروبا ثم إن مواكبة الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر لنبض الشارع المصري والدفاع عن قضايا الثورة كل ذلك يؤهله إلى أن يأخذ موضعه اللائق به في إعادة رسم الشكل المأمول للحياة فى مصر الجديدة. وأشار إلى أن وجود الدكتور أحمد كمال أبوالمجد عضو المجمع البحوث الإسلامية في المجلس الاستشاري، وهو الرمز المعروف مصريا وعالميا جاء بصفة شخصية وليس له علاقة بالمؤسسة الدينية. بدوره، أكد الدكتور محمد كمال إمام عضو مجمع البحوث الإسلامية وأستاذ الشريعة بكلية الحقوق جامعة الإسكندرية أن دور الأزهر كمؤسسة دينية لا يرتبط بالأمور السياسية، خاصة وأن دور المجلس الاستشاري هو دور سياسي غير إلزامي، فضلا عن أن الأزهر يلتزم بالوقوف على مسافة متساوية من جميع التيارات السياسية والدينية، فضلا عن أن الأزهر لا يريد أن يقحم نفسه في العمل السياسي حتى لا يتهم بالبحث عن دور مغاير لما يعمل من أجله كمؤسسة دينية وتاريخية ووطنية.
