بدأ أول الخلافات بين لجنة الصحة بمجلس النواب والحكومة؛ بسبب عدم التزام الأخيرة بما نص عليه الدستور المصري الجديد، الذي أقر في شهر يناير 2014، ونص على زيادة عدد من القطاعات، كالصحة والتعليم والبحث العلمي، في الموازنة العامة للعام المالي 2016/2017، حيث يخصص 3% من إجمالي الدخل القومي لوزارة الصحة. وبعد تأخر استمر قرابة شهرين من جانب الحكومة في تقديم الموازنة العامة للدولة لهذا العام إلى البرلمان، وأعقبها تقديم البيان المالي للموازنة الذي يشرح مخصص كل قطاع في الموازنة، اكتشفت لجنة الصحة بالمجلس أن ميزانية وزارة الصحة تقدر بنحو 47.8 مليار جنيه فقط، في حين أنه من المفترض أن تصل وفقًا لما نص عليه الدستور إلي 81.5 مليار جنيه، أي أن هناك عجزًا نحو 30 مليار جنيه عما نص عليه الدستور، الأمر الذي تسبب في حالة غضب واستدعاء لوزير الصحة إلى مقر المجلس، وسؤاله: لماذا لم تلتزم الحكومة بما جاء في الدستور؟ وقال الدكتور مجدي مرشد، رئيس لجنة الصحة بالبرلمان، إن الزيادة المنصوص عليها في الدستور لم تطبق، وتقدر بنحو 30 مليار جنيه، وهو رقم ضخم، ويعني أننا سندور في حلقة مفرغة بين المطالبة بتطوير المنظومة الصحية في مصر وعجز الميزانية المخصصة لها، بجانب أن الخطة التي تعدها اللجنة لتطوير المنظومة قائمة على الزيادة الجديدة، ولكن بعد هذا الرقم فلن يكون هناك أي تطوير، وهذا مرفوض؛ لذلك سيتم رفض الميزانية التي تقدمت بها الحكومة. وأضاف مرشد، في تصريحات خاصة ل «البديل»، أن عدم التزام الحكومة بما جاء في الدستور مخالفة أخرى، وأننا تواصلنا مع وزير الصحة بشأن الميزانية، وتفهم موقف لجنة الصحة من هذا الحق الدستوري، بجانب أن هناك حديثًا عن تغير الرقم المخصص في الميزانية. فيما وجه الدكتور أيمن أبو العلا، عضو مجلس النواب عن حزب المصريين الأحرار وعضو لجنة الصحة بمجلس النواب، سؤالًا إلى وزير الصحة الدكتور أحمد عماد الدين حول عدم وفاء الموازنة العامة لعام 2016-2017 بالنسبة المخصصة لقطاع الصحة وفقًا للدستور الجديد، وذلك خلال الاجتماع الذي عقد صباح اليوم للجنة الصحة بالمجلس، وحضره الوزير. وجاء رده أنه لم يكن له دخل فى هذه القضية، وطلب أكثر من مرة أن يتم تعديل النسبة المخصصة لقطاع الصحة، مشيرًا إلى أن ميزانية الصحة فى مشروع الموازنة للعام المالي الجديد 2016/2017 بلغت 47 مليار و857 مليون جنيه، إلا أنه طلب 53 مليار جنيه لقطاع الصحة بخلاف التأمين الصحي. وكانت الحكومة قد رفعت ميزانية وزارة الصحة بنحو 12.9 مليار جنيه خلال العام المالي 2014 – 2015؛ لتصل بالموازنة الجديدة إلى نحو 46.4 مليار جنيه، مقارنة بميزانية قطاع الصحة عام 2013 – 2014، والتي قدرت بنحو 33.5 مليار جنيه بحسب التقسيم الوظيفي بالموازنة الجديدة.