قاد البابا شنودة الثالث الكنيسة الأرثوذكسية لأربعة عقود ووسع وجودها حول العالم، فى الوقت الذى كان يصارع فيه -وغالبا دون أن ينجح فى هذا- فى حماية الأقلية القبطية فى الداخل، حسب صحيفة «النيويورك تايمز» الأمريكية التى قالت إن وفاته تأتى فى وقت تزداد فيه المخاوف بالنسبة إلى 10 ملايين من الأقباط المسيحيين فى مصر، الذين شعروا بأنهم أصبحوا أكثر ضعفا منذ سقوط نظام الرئيس السابق حسنى مبارك، وسط اعتداءات من جانب إسلاميين متشددين على الكنائس وقمع على يد قوات الأمن. وتقول الصحيفة الأمريكية إن صعود الأحزاب الإسلامية المحافظة إلى السلطة زاد أيضا من المخاوف من أن الهوية الوطنية المصرية تزداد ارتباطا بالإسلام. ونقلت الصحيفة عن مايكل وحيد حنا، زميل مؤسسة «سينشرى فاونديشن» البحثية الأمريكية قوله إن وفاة البابا تأتى بمثابة زيادة عدم وضوح الرؤية بالنسبة إلى الأقباط فى وقت يمر فيه البلد بمرحلة انتقال.. سواء كان الناس يحبونه أم لا، إلا أن وفاته سوف تسبب قلقا». وتصف «التايمز» البابا شنودة الثالث بأنه «عرف كزعيم محافظ يتمتع بالكاريزما بالنسبة إلى أقباط مصر الذين يمثلون 10% من سكان مصر، وغالبيتهم من المسلمين السنة. وتضيف أن البابا الراحل ملأ فراغا فى القيادة فى الوقت الذى انسحب فيه الأقباط مع معظم المصريين، من الحياة العامة فى ظل الحكم السلطوى، ووسع وجود الكنيسة، خصوصا فى أمريكا الشمالية، وفى نفس الوقت تعرض لانتقادات بسبب ما كان ينظر إليه على أنه ميول سلطوية، التى قيدت التغييرات داخل الكنيسة، ولدعمه لنظام مبارك، فى مقابل إجراءات لحماية الأقباط، وهو ما أشعر الأقباط على نحو متزايد أنها غير مهمة. وتشير إلى أن الرئيس الراحل أنور السادات قام بنفى البابا داخليا فى 1981، بعد صدامات بينهما بسبب شكوى البابا من التمييز ضد الأقباط، وأنهى الرئيس المخلوع مبارك هذا الأمر فى 1985، بتفاهمات غير رسمية بأن يخفف البابا من لهجته ضد التمييز، وفق ماريز تادروس الباحثة بجامعة ساسكس. هذه التفاهمات تراجعت بشدة خلال العقد الماضى، بعد سلسلة من المصادمات الدامية بين الأقباط والمسلمين واتهامات من الكنيسة للدولة، خصوصا أجهزة الأمن بإثارة الانقسام الطائفى. تلفِت الصحيفة كذلك إلى أن سياسات الكنيسة الخاصة، ومن بينها منعها الكامل للطلاق، زادت من حدة التوترات مع البابا أيضا، ودفع هذا البعض إلى ترك الكنيسة من أجل الطلاق تحديدا، إما باختيار طائفة أخرى وإما باعتناق الإسلام رسميا، وأحيانا ما كانوا يعودون إلى المسيحية مرة أخرى، بعد حدوث الطلاق، وتسبب هذا فى إطلاق إشاعات أدت إلى حلقات من العنف بين المسلمين والأقباط. وتقول الصحيفة إن البابا القادم سيواجه رغبة متزايدة بين الكثير من الأقباط لتوسيع قيادة المجتمع القبطى، وفق محللين. ويقول مايكل وحيد حنا، من مؤسسة «سينشرى فاونديشن»، إنه فى عهد البابا شنودة «أصبحت الكنيسة هى الممثل السياسى الفعلى للأقباط.. وقد أصبح هذا الأمر مثيرا للمشكلات بشكل كبير».
