هدد حزب المؤتمر الوطني الحاكم في السودان بعدم الاعتراف بنتائج الاستفتاء الخاص باستقلال جنوب السودان المقرر يوم 9 يناير، "إذا لم تحل المشكلات المتعلقة بعملية تسجيل الناخبين". وقال القيادي بالمؤتمر الوطني ربيع عبد العاطي إن الحركة الشعبية لتحرير السودان "تستخدم أدوات للضغط على الجنوبيين في الشمال وتهديدهم وترهيبهم كي لا يسجلوا أنفسهم، مما يعني أن عملية الاستفتاء ككل لن تكون حرة ونزيهة وشفافة". ويمثل الاستفتاء اخر مراحل اتفاقية السلام التي تم التوصل لها بين الشمال والجنوب عام 2005 وانهت اطول حرب اهلية في افريقيا. ويتوقع أغلب الناس أن يوافق الجنوب على الانفصال. لكن حزب المؤتمر الوطني الشمالي قال ان قلة اقبال الجنوبيين الذين يعيشون في الشمال على تسجيل اسمائهم سيؤثر على مصداقية أي نتيجة للاستفتاء. وألقى الحزب باللائمة على الحركة الشعبية لتحرير السودان الحاكمة في الجنوب في مطالبة الجنوبيين في الشمال بعدم تسجيل اسمائهم. وأضاف أنه اذا استمر هذا السلوك من قبل الحركة الشعبية لتحرير السودان فان هذا لن يؤدي الى مناخ موات لاجراء الاستفتاء وسيؤثر على النتائج. وتابع أن هذا قد يؤدي في النهاية الى عدم اعتراف الحكومة السودانية وايضا المجتمع الدولي بنتائج الاستفتاء. وقدرت مفوضية الاستفتاء ان ما يقرب من 5.5 مليون جنوبي ربما سيحق لهم التصويت بينهم 500 ألف يعيشون في الشمال ومثلهم في الخارج. ويعتقد حزب المؤتمر الوطني أن الكثيرين من الجنوبيين في الشمال ربما يصوتون لصالح الوحدة بينما ستصوت الاغلبية في الجنوب لصالح الانفصال. وقدم حزب المؤتمر الوطني شكوى رسمية الى مفوضية الاستفتاء يوم الاثنين بشأن منع جنوبيين من التسجيل في الشمال والجنوب. وأكدت المفوضية أن نسبة الاقبال منخفضة جدا في الشمال لكنها امتنعت عن ذكر أرقام. وتستمر عملية تسجيل الناخبين 17 يوما بدءا من 15 نوفمبر.