حذر الحزب الشمالي الحاكم في السودان من أنه قد لا يعترف بنتائج الاستفتاء الخاص بإستقلال جنوب السودان المقرر يوم التاسع من يناير إذا لم تحل المشكلات المتعلقة بعملية تسجيل الناخبينويمثل الاستفتاء اّخر مراحل أتفاقية السلام التي تم التوصل لها بين الشمال والجنوب عام 2005 وأنهت أطول حرب أهلية في أفريقيا. ويتوقع أغلب الناس أن يوافق الجنوب على الانفصاللكن حزب المؤتمر الوطني الشمالي قال ان قلة إقبال الجنوبيين الذين يعيشون في الشمال على تسجيل اسمائهم سيؤثر على مصداقية أي نتيجة للاستفتاء. وانحى الحزب باللائمة على الحركة الشعبية لتحرير السودان الحاكمة في الجنوب في مطالبة الجنوبيين في الشمال بعدم تسجيل اسمائهموقال ربيع عبد العاطي المسؤول الكبير في حزب المؤتمر الوطني ان الحركة الشعبية لتحرير السودان تستخدم ادوات للضغط على الجنوبيين في الشمال وتهديدهم وترهيبهم كي لا يسجلوا انفسهم مما يعني أن عملية الاستفتاء ككل لن تكون حرة ونزيهة وشفافةوأضاف أنه اذا استمر هذا السلوك من قبل الحركة الشعبية لتحرير السودان فان هذا لن يؤدي الى مناخ موات لاجراء الاستفتاء وسيؤثر على النتائجوتابع أن هذا قد يؤدي في النهاية الى عدم اعتراف الحكومة السودانية وايضا المجتمع الدولي بنتائج الاستفتاءوأكد مسؤولان في الحركة الشعبية لتحرير السودان رفضا ذكر اسميهما أن الحركة ابلغت الجنوبيين في الشمال بعدم التسجيل وقالا ان الحركة تخشى ان يتلاعب حزب المؤتمر الوطني في النتائج هناك. لكن الحركة الشعبية لتحرير السودان تنفي في العلن ان تكون هذه سياسة رسمية لها كما تتهم حزب المؤتمر الوطني بترهيب الجنوبيينوقدرت مفوضية الاستفتاء ان ما يقرب من 5.5 مليون جنوبي ربما سيحق لهم التصويت بينهم 500 ألف يعيشون في الشمال ومثلهم في الخارجويعتقد حزب المؤتمر الوطني أن الكثيرين من الجنوبيين في الشمال ربما يصوتون لصالح الوحدة بينما ستصوت الاغلبية في الجنوب لصالح الانفصال.وقال عبد الرحمن الخضر والي الخرطوم ان ما يقرب من الف جنوبي فقط سجلوا اسماءهم في العاصمة يوم 15 نوفمبر تشرين الثاني وهو أول أيام عملية تسجيل الناخبين. وأضاف أن الاعداد اليومية تضاءلت منذ ذلك الحين في الخرطوم حيث يعيش معظم من يحق لهم التصويت في الشمال