أكد حزب الحرية و العدالة رفضه القاطع لما اسماه ب"الإنقلاب العسكرى" الذي قام به الفريق اول عبد الفتاح السيسي وزير الدفاع، وعطل الدستور وعزل رئيس الجمهورية المنتخب وقام بتعيين قيادة لإدارة البلاد وأعطى صلاحية إصدار إعلانات دستورية لقيادة غير منتخبة تقسم اليمين في حماية الدبابات والمدرعات، على حد تعبيره. وأعلن الحزب - في بيان رسمي أصدره اليوم الخميس - أنه سيقف بكل حسم ضد هذا "الإنقلاب العسكرى" وأنه لن يتعاون مع إدارة البلاد الحالية المغتصبة لسلطة الحكم، وسيظل يعمل لعودة الشرعية مع كل القوى الرافضة للإنقلاب، على حد قوله.
وطالب الحزب كافة القوى الشعبية و الحزبية بإعلان مواقفها الواضحة القاطعة، "إما مع إرادة الشعب الحرة أو مع انقلاب عسكرى كامل على الإرادة الشعبية". وأضاف الحزب أنه سيظل مشاركاً في كل الفعاليات السلمية الرافضة للانقلاب وسط الشعب وضد الممارسات القمعية التى أطلت برأسها، وضد القتل الممنهج الذي بدأته قوات الأمن ضد المتظاهرين السلميين، و ضد إغلاق منافذ التعبير ومصادرة حرية الرأي، والتى بدأت باعتقال رئيس الحزب الدكتور محمد سعد الكتاتنى و مطاردة بعض رموزه و قياداته، حسبما ذكر البيان. واختتم الحرية والعدالة بيانه قائلاً "الله أكبر و تحيا مصر .. و الله أكبر و يحيا الشعب".