في جامعة عين شمس كان العنف والاشتباكات بالمولوتوف والشماريخ وتكسير سيارات بين طلاب الاخوان وبين أفراد الأمن الداخلي لدرجة حدوث أكثر من 18 إصابة تم اسعافها بمستشفي الجامعة.. ومن شدة الاشتباكات أمرت إدارة الجامعة باغلاق جميع الأبواب أثر الرعب الذي انتشر بين الطلاب بعد اقتحام مجموعة كبيرة من طلاب الإخوان لأسوار الجامعة في صورة غير حضارية. كما تجول طلاب الإخوان داخل الجامعة. مرددين هتافات مسيئة للقوات المسلحة وثورة 30 يونيو وأمام استفزازاتهم ردد الطلاب المستقلون هتافات مؤيدة لثورة 30 يونيو. إضافة إلي الهتاف ب"الجيش والشعب إيد واحدة" الأمر الذي رد عليه طلاب الإخوان بالتعدي علي الطلاب بشكل عشوائي. ورشقهم بالحجارة. ليتطور الأمر تدريجيا إلي إلقاء زجاجات المولوتوف. في محاولة لإثارة الفوضي داخل الجامعة بالتزامن مع الاشتباكات داخل حرم الجامعة. حاصر طلاب مبني الجامعة من الخارج. وألقوا زجاجات فارغة وشماريخ علي المحتشدين خلف أسوار الجامعة. فيما أغلق الأمن الإداري ل"عين شمس" أبواب الجامعة في محاولة للسيطرة علي الموقف وأمام حدة الاشتباكات. وقع عدد من المصابين في صفوف الطلاب. وسط حالة من الفزع والذعر. انتابت الجميع محاولين الاحتماء بقاعات المحاضرات والمباني.. كما اعتلي عدد من طلاب الجماعة. مباني الكليات المختلفة. ورشقوا الطلاب بالزجاجات الفارغة وأسفرت الاشتباكات عن تكسير سيارات لعدد من أعضاء هيئة التدريس والموظفين والطلاب. استغاث د. حسين عيسي رئيس الجامعة بوزير التعليم العالي طالبا منه زيادة أفراد الأمن مع تكثيف حملات الشرطة حول أسوار الجامعة. ناشد د. محمد الطوخي نائب رئيس الجامعة لشئون التعليم والطلاب حماية منشآت الجامعة التي هي ملك للجميع كما ناشد الطلاب بضرورة الاهتمام بدراستهم ومستقبلهم. وفي جامعة حلوان تمكن الأمن من فض الاشتباك بين طلاب الإخوان وبين الطلاب المستقلين الذين يطالبون بضرورة انتهاء مثل هذه المهاترات والالتفاف للدراسة من أجل مستقبلهم.. وكانت اشتباكات حادة قد نشبت بين الطرفين أمام البوابة الرئيسية للجامعة لكن الأمن تمكن من السيطرة علي الموقف.