زعمت مجلة «انتليجنس اون لاين» الاستخباراتية الفرنسية، عن وجود خلافات بين جهازي المخابرات العامة والحربية، وهما الذراعان الأهم للأمن القومي المصري، بسبب تداخل الاختصاصات في محاربة الإرهاب في شمال سيناء. ووفق التقرير، فإن السيسي يميل إلى جانب المخابرات العسكرية، ولا يمتلك ثقة كبيرة في المخابرات العامة، حسب المجلة. واعتبرت المجلة الفرنسية المتخصصة في شئون الاستخبارات، أن «نشر أسماء الضباط المبعدين من المخابرات العامة في مرسوم رسمي، يعني حرمانهم نهائيا من العودة إلى الخدمة فيها»، واصفة ما حدث بأنه «هزة عنيفة» في جهاز المخابرات العامة المصرية، حسب زعمها، «خاصة في هذا التوقيت الذي تخوض فيه معركة على الأرض». وكان الرئيس المصري عبد الفتاح السيسي، أصدر قرارا جمهوريا بنقل بعض العاملين بالمخابرات العامة، إلى عدد من الوزارات العامة في الدولة. ونص القرار على نقل عبد الله محمود مصطفى «درجة ثانية»، وخالد عبد الفتاح عبد المتجلي «درجة ثالثة»، إلى وزارة الكهرباء، ومحمد مصطفى حسن «درجة ثالثة»، وعصام ربيع محمود «درجة ثالثة»، إلى وزارة الاستثمار، ووليد أحمد مرسي «درجة ثالثة» إلى وزارة القوى العامة، ومعتز محمد عبد الرؤوف «درجة ثالثة»، وخالد علي غالب «درجة ثالثة» إلى وزارة المالية، وخالد سعد سالم «درجة ثالثة»، وأحمد سيد عبد العظيم «درجة رابعة» إلى وزارة الزراعة واستصلاح الأراضي. ونصت المادة الثانية على نقل 6 من العاملين في المخابرات بالوظائف المهنية، و4 من العاملين في وظائف معاوني خدمة، إلى عدد من الوزارات، على أن يعمل بالقرار اعتبارا من 1 أغسطس المقبل. واعتبر مراقبون أن القرار وأسلوب اتخاذه يعبران عن عدم رضا الرئاسة عن أداء الجهاز، ورغبتها في توجيه تحذير علني ومشدد من استمرار الأوضاع الحالية.