رفضت لجنة تقصي الحقائق في أحداث 30 يونيو 2013، اتهام الدكتور محمد بشر، القيادي الإخواني لها ب "التوظيف السياسي" لمقابلته مع اللجنة، قائلة إن "هذا الادعاء لا شأن للجنة به، وإن اللجنة لا تسأل بطبيعة الحال عن أي توصيف أو تحليل تصبغه بعض وسائل الإعلام أو غيرها على الأحداث أو اللقاءات". وكان بشر قد اعتذر عن عدم مقابلة المستشار فؤاد عبدالمنعم رياض، رئيس اللجنة والتي كانت مقررة يوم الاثنين. وأضاف أن "الاعتذار جاء رفضًا للتوظيف السياسي للاتصالات التي جرت معه، والتي أعلى فيها المسؤولية الوطنية والأخلاقية وحسن النية رغم تحفظه على تشكيل اللجنة من غير ذي صفة، وقوبلت بتسييس واسع في وسائل الإعلام المحسوبة علي سلطة الانقلاب وصمت غير مبرر من لجنة تقصي الحقائق، والتي صدر منها كذلك مواقف غير إيجابية مع ذوي الضحايا وتصريحات يفصح فيها رئيس اللجنة عن موقفه السياسي المسبق"، بحسب بيان صادر عن مكتب بشر. وقالت اللجنة في بيان أصدرته اليوم إنها فوجئت بإعلان بشر عن عدم الحضور في الموعد المحدد للقاء اللجنة، على الرغم من إبداء رغبته بلقائها في اتصال هاتفي يوم 11 سبتمبر الجاري، واستعداده الكامل للتعاون معها، واتفق على الاستماع له ومن برفقته وتسجيل لما لديهم من معلومات. وأشار البيان إلى أن "تشكيل اللجنة صدر بقرار رئاسي، لكن ذلك لا يعني إطلاقًا عدم حيادها أو عدم استقلالها عن الحكومة، شأنها في ذلك شأن المحكمة الدستورية العليا، وسائر جهات وهيئات القضاء"، مؤكدًا أن اللجنة تقوم بعملها بشكل موضوعي ومحايد ومستقل تمامًا، ولا صله لها بالحكومة. ولفتت اللجنة، إلى أن اللجنة لا تتلقى المعونة اللازمة لاستمرار أعمالها من قبل أجهزة الدولة. وفي 22 ديسمبر الماضي، صدر قرار رئاسي بتشكيل لجنة "مستقلة" لجمع المعلومات والأدلة وتقصي الحقائق التي واكبت أحداث 30 يونيو 2013، وما أعقبها، وتوثيقها وتأريخها، برئاسة القاضي الدولي المتقاعد فؤاد عبد المنعم رياض. وتتولى اللجنة، بحسب نص قرار تشكيلها، "تجميع وتوثيق المعلومات والأدلة ذات الصلة بشأن الوقائع المشار إليها، بالإضافة إلى عقد اللقاءات وسماع الشهادات وإجراء المناقشات التي تراها لازمة، وتحليل الأحداث وتوصيفها وكيفية حدوثها وتداعياتها والفاعلين لها، وما ترتب عليها من آثار، والاطلاع على ما تم من تحقيقات". وتعمل اللجنة على ملفات من بينها "ملفي فض اعتصامي رابعة العدوية ونهضة مصر، وملفات أخرى منها حرق الكنائس وشغب الجامعات واغتيالات ومحاولات اغتيال ومحاولة تعطيل المجرى الملاحي لقناة السويس". ومن المنتظر أن ينتهي عمل اللجنة في 21 سبتمبر الحالي، غير أن رئيس اللجنة قال في تصريحات سابقة إنه "من الجائز أن تكون اللجنة انتهت من تقريرها (بحلول هذا التاريخ)، وأيضا من الجائز أن تبدأ من جديد، حسب ما يرد من أدلة".