أكد الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر، أن الحديث عن الإسلام بصورة سلبية من الغرب خط أحمر يرفضه الأزهر رفضًا قاطعًا. جاء ذلك خلال استقباله سفير دولة الفاتيكان الجديد بالقاهرة، جان بول جوبل، والذي حمل رسالة من البابا فرنسيس الرابع، يؤكد فيها احترام الفاتيكان للإسلام والمسلمين، وعلى بذل الجهد من أجل التفاهم بين المسيحيين والمسلمين في العالم، لتحقيق العدالة والسلام. وأكد الطيب أن رسالة الأزهر الذي يمثل كل المسلمين في العالم، هي احترام أهل الأديان السماوية جميعًا، والحفاظ على الكرامة الإنسانية وعلى القيم العُليا التي أكدها القرآن الكريم والسنة النبوية والدعوة إلى ذلك بالمنهج الوسطي وبالحكمة والموعظة الحسنة، وأن الإسلام منفتح على الإنسانية كلها وأن المسلمين مستعدون للتعاون لإرساء العدالة والتقدم بين شعوب الأرض. وتوترت العلاقة بين الأزهر والفاتيكان بشدة في عهد بابا الفاتيكان السابق بنديكت السادس عشر عام 2006 عندما ربط الأخير فى إحدى محاضراته بين الإسلام والعنف، ثم أعلن مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر في 2011 تجميد حوار الأديان بين الأزهر والفاتيكان، عقب تصريحات أخرى للبابا طالب فيها بحماية المسيحيين في مصر بعد تفجير استهدف كنيسة القديسين بالإسكندرية ؛ حيث اعتبرها الأزهر تدخلا غير مقبول في الشأن المصري. إلا أنه ومع انتخاب البابا الجديد فرانسيس الرابع قبل شهور، أرسل شيخ الأزهر برقية تهنئة له بتنصيبه على الكرسي البابوي. وقابل الفاتيكان ذلك بترحيب والدعوة إلى استئناف الحوار المتوقف منذ سبع سنوات.