في أول رد فعل لزيارة البابا تواضروس للفاتيكان، طلب البابا فرانسيس الأول بابا الفاتيكان إعادة الحوار المتوقف مع الأزهر منذ أكثر من سبع سنوات، احتجاجًا على تصريحات البابا بنديكت السادس عشر، بابا الفاتيكان السابق. وأوضح الفاتيكان في بيان رسمي أن مبادرة الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر بتهنئة البابا فرانسيس الأول بتنصيبه على الكرسي البابوي تعد مبادرة سلام من قبل الأزهر. وأشار البيان إلى تعدد الفوائد جراء إعادة العلاقات و الحوار بين الفاتيكان والأزهر، حيث إن هناك نقاط مشتركة بين الكاثوليكية والإسلام، مؤكدا أن الحوار يتوحد من خلاله القيم والمبادئ المشتركة وليس عقائديًا. وتوترت العلاقة بين الأزهر والفاتيكان بشدة في عهد بابا الفاتيكان السابق بنديكت السادس عشر عام 2006 عندما ربط الأخير فى إحدى محاضراته بين الإسلام والعنف، ثم أعلن مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر في 2011 تجميد حوار الأديان بين الأزهر والفاتيكان، عقب تصريحات أخرى للبابا طالب فيها بحماية المسيحيين في مصر بعد تفجير استهدف كنيسة القديسين بالإسكندرية ؛ حيث اعتبرها الأزهر تدخلا غير مقبول في الشأن المصري.
