أصدر الرئيس محمد مرسي، الأربعاء، القرار الجمهوري رقم 5 لسنة 2012، بتشكيل لجنة لبحث حالة المعتقلين والمحاكمين بموجب القضاء العسكري أو القضاء الطبيعي منذ 25 يناير 2011، وحتى تسليم السلطة في 30 يونيو 2012، على أن تقدم اللجنة تقريرها للرئيس خلال أسبوعين من تاريخ مباشرتها لعملها. وينص القرار على أنه «بعد الإطلاع على الإعلانات الدستورية، وعلى قانون العقوبات، وعلى قانون الإجراءات الجنائية، والقانون رقم 162 لسنة 1958 بشأن حالة الطوارئ، والقانون رقم 25 لسنة 1966 بشأن القضاء العسكري وتعديلاته، وعلى ما عرضه رئيس مجلس الوزراء، قرر الرئيس تشكيل لجنة برئاسة المستشار محمد أمين المهدي، وعضوية كلا من النائب العام المساعد، والمحامي العام الأول لنيابة أمن الدولة العليا، ومساعد أول وزير الداخلية للأمن العام، ومساعد أول وزير الداخلية لقطاع مصلحة السجون، ونائب مدير القضاء العسكري، وأربعة من ممثلي منظمات المجتمع المدني وشباب الثورة، وهم: أحمد سيف الإسلام، ومحمد زارع، وعلي كمال مصطفى، وإسلام لطفي علي». وتنص المادة الثانية على أن «مهمة اللجنة هي بحث حالة جميع المدنيين الصادرة بحقهم أحكاما عسكرية، منذ 25 يناير 2011، وحتى تسليم السلطة في 30 يونيو 20112، وإعداد تقرير يوضح حالة كل منهم من حيث نوع الجريمة المسندة إليه وطبيعتها، وبحث حالة جميع المعتقلين من قبل وزارة الداخلية أو غيرها، وإعداد تقرير بشأنهم، وبحث حالة الثوار الذين صدرت بحقهم أحكاما من قبل القضاء العادي منذ الثورة وحتى الآن، وإعداد تقرير بشأنهم». وتنص المادة الثالثة على أنه «على اللجنة أن تنتقل لكافة السجون الحربية والمدنية وأماكن الاعتقال والاحتجاز، لسماع أقوال المعتقلين وشهاداتهم، وللجنة الاستعانة بمن تراهم داخل الجهات ذات الصلة بهذا الشأن». أما المادة الرابعة فتنص على أن «ترفع اللجنة تقريرها للرئيس خلال أسبوعين من تاريخ مباشرتها لعملها، مشفوعا برأيها في كل حالة على حدة». وأكد القرار في المادة الخامسة على «ضرورة أن تقدم جميع الجهات والمؤسسات في الدولة كل ما لديها من مستندات للجنة، وتعمل على دعم مهامها».