اصدر الرئيس محمد مرسى قرار رقم 5 لسنة 2012 بشأن المعتقلين وتشكيل لجنة لبحث قضاياهم داخل السجون الحربية والداخلية ونص القرار على الاتى : بعد الاطلاع على الاعلان الدستوري الصادر في 13/2/2012 وعلى الاعلان الدستوري الصادر في 30/3/2012 وعلى قانون العقوبات وعلى قانون الإجراءات الجنائية والقانون 162 لسنة 1958 والقانون 25 لسنة 1966 بشان القضاء العسكري وتعديلاته وعلى معارضه رئيس مجلس الوزراء قرر المادة الاولى تشككا لجنة برئاسة السيد المستشار محمد امين المهدي وعضوية كل من النائب العام المساعد والمحامي العام الاول بنيابة امن الدولة العليا ومساعد اول وزير الداخلية للأمن العام ومساعد اول وزير الداخلية لمصلحة السجون ونائب مدير القضاء العسكري 4 من ممثلي المجتمع المدني وشباب الثورة وهم احمد سيف الاسلام ومحمد على زارع وعلى كمال مصطفي وإسلام لطفي على المادة الثانية تكون مهمة اللجنة مايلي بحث حالة جميع المدنيين الذين صدرت ضدهم أحكام عسكرية منذ25 يناير 2011 وحتى تسليم السلطة في 30 يونيو 2012 وإعداد تقرير يوضح حالة كل منهما من حيث نوع الجريمة المسندة والحكم الصادر بشانها وبحث حالة كافة المعتقلين من قبل وزارة الداخلية او غيرها وإعداد تقرير بسبب اعتقال كل منهم ومدته والاتهام المسند اليه وبحث حالة الثوار الذين صدرت ضدهم أحكام من القضاء العادي منذ25 يناير2011 وحتى تاريخ تسليم السلطة في30 يونيو2012 وإعداد تقرير يوضح حالة كل منهم ونوع الجريمة المسندة اليه والحاكم الصادر بشانها المادة الثالثة للجنة ان تنتقل لكافة السجون الحربية والمدنية وأماكن الاحتجاز والاعتقال ومقابلة الاشخاص المعنيين وسماع أقوالهم والاطلاع على ملفاتهم وأسباب تواجدهم واللجنة الاستعانة بمن تراه من داخل او خارج الجهات ذات الصلة بهذا الشان المادة الرابعة ترفع اللجنة تقريرها للسيد رئيس الجمهورية خلال أسبوعين من تاريخ مباشرتها لعملها مشروعا برأيها لكل حالة على حدة المادة الخامسة على جميع الجهات تقديم كل ما لديها من مستندات او معلومات ودعما للجنة لتتمكن من مباشرة عملها صدر برئاسة الجمهورية بتاريخ الاربعاء 14 شعبان 1433 الموافق 4 يوليو2012