أصدر الرئيس محمد مرسي قرار بقانون للعفو الشامل عن كل من حكم عليهم في بعض الجرائم التى ارتكبت اثناء ثورة 25 يناير. ويشمل العفو الشامل الجنايات والجنح والشروع فيها التى ارتكبت بهدف مناصرة الثورة وتحقيق أهدافها فى المدة من 20 يناير 2011 وحتى 30 يونيو 2012، فيما عدا جنايات القتل العمد. وجاء فى قرار قانون العفو الذى أصدره الرئيس محمد مرسي أن هذا العفو يشمل المحكوم عليهم أو المتهمين الذين لم تزل قضاياهم فى دور التحقيق أو امام المحاكم بانواعها. ويلزم القانون النائب العام والمدعي العام العسكري كل فيما يخصه بنشر كشف بأسماء من شملهم العفو فى جريدة الوقائع المصرية وجريدتين واسعتي الانتشار خلال شهر من تاريخ نفاذ هذا القانون. ومن حق من اغفل اسمه فى الكشف أن يتقدم بتظلم للنائب العام او المدعي العام العسكري بحسب الاحوال خلال شهر من تاريخ نشر الاسماء المشمولة بالعفو، على أن يفصل فى التظلم فى موعد اقصاه 30 يوميا من تاريخ تقديمه. وتشكل لجنة او اكثر للفصل فى التظلمات برئاسة نائب لرئيس محكمة النقض، وتعلن اللجنة المتظلم بميعاد ومكان جلسة النظر فى التظلم قبل موعدها بثلاثة ايام على الاقل، ولا يجوز الطعن على قرارات لجنة الفصل فى التظلمات.. ولا يؤثر العفو الممنوح وفقا لهذا القانون على اي حقوق للغير عن الجرائم محل العفو. من ناحية اخرى أعرب عدد من السياسيين عن سعادتهم بقرار د.محمد مرسى, رئيس الجمهورية, بالعفو الشامل عن معتقلى الثورة فى الفترة من 25 يناير حتى تسليم السلطة. وقال الشاعر عبدالرحمن الأبنودى, إن قرار الرئيس مرسي بالعفو عن جميع المعتقلين خلال أحداث ثورة 25 يناير يعتبر خطوة جيدة على طريق الديمقراطية. ووصف علاء صادق, الناقد الرياضى, قرار الإفراج عن كل معتقلى ثورة 25 يناير, بالتاريخى، مشيراً إلى أنه لا يملك إلا أن يقول "شكرا يا مرسي.. وربنا يباركلك فى صحتك وولادك وزوجتك". من ناحيته، أعرب الكاتب الصحفى حمدى قنديل عن سعادته بالقرار، قائلا "لم ينتظر ثوار يناير من الرئيس قرارا قدر انتظارهم لقراره الذى أصدره اليوم بالعفو عن المعتقلين والمحكوم عليهم مدنيين وعسكريين لمناصرتهم للثورة". ووافقه فى الرأى حازم عبدالعظيم, الناشط السياسى, مشيراً إلى أنه "حتى لو كان قرار مرسي, وتوقيته وغرضه سياسيا أنا فرحان جدًا بالقرار"، متمنيا أن يشمل قرار العفو الضابط محمد وديع التى أعلنت والدته الإضراب عن الطعام حتى الإفراج عنه. وفى السياق ذاته، قال الدكتور مصطفى النجار, عضو مجلس الشعب السابق, إنه بالرغم من أننى انتقدت خطاب الرئيس مرسى أول أمس فأنا اليوم أتقدم له بالتحية على قرار العفو الشامل عن المعتقلين وأرجو أن يشمل الجميع "لا نريد مسجونا واحدا مظلوما". ومن ناحيته، وجّه الدكتور محمد حبيب النائب السابق للمرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين الشكر للدكتور محمد مرسى رئيس الجمهورية على قرار العفو الشامل عن المعتقلين منذ ثورة 25 يناير حتى 30 يونيو2012، واصفا ذلك بخطوة جيدة.