فى أول خطوة عملية لإنهاء أزمة المعتقلين السياسيين، أصدر الدكتور محمد مرسى، رئيس الجمهورية، قرارا جمهوريا حمل رقم 5 لسنة 2012 بشأن تشكيل لجنة للإفراج عن المعتقلين السياسيين. وتضمن القرار 6 مواد، نصت المادة الأولى منه على الآتى "بعد الاطلاع على البيان الدستورى الصادر 13/ 2 /2012 والاطلاع على الإعلان الدستورى فى 30_ 3 2011 وعلى قانون العقوبات وقانون الإجراءات الجنائية وقانون 162 لسنة 1958 بشأن حالة الطوارئ والقانون رقم 25 لسنة 1966، بشأن القضاء العسكرى، قرر رئيس الجمهورية، تشكيل لجنة برئاسة المستشار محمد أمين المهدى، وعضوية كل من النائب العام المساعد والمحامى العام الأول لنيابة أمن الدولة العليا، والمساعد الأول لوزير الداخلية الأمن العام، ومساعد أول وزير الداخلية لقطاع مصلحة السجون، ونائب مدير القضاء العسكرى و4 من ممثلى المجتمع المدنى وشباب الثورة وهم أحمد سيف الإسلام ومحمد على زارع على كمال مصطفى، إسلام لطفى على. ونصت المادة الثانية على أن تكون مهمة اللجنة ما يأتى، "بحث حالة جميع المدنيين الذين صدرت ضدهم أحكام عسكرية منذ 25 يناير 2011، وحتى تاريخ تسليم السلطة يونيو 2012، وإعداد تقرير نوع الجريمة المسندة إليهم وسبب اعتقال كل منهم، وبحث حالة الثوار التى أسندت إليهم أحكام منذ قيام ثورة يناير، وحتى الآن وتحديد نوع الجريمة والحكم الصادر بشأنهم. فيما نصت المادة الثالثة من القرار على أن يكون من حق اللجنة، أن تنتقل إلى كافة السجون وأماكن الاعتقال والاطلاع على ملفات المعتقلين ومعرفة أسباب تواجدهم، فيما أكدت المادة الرابعة حق اللجنة الاستعانة بمن تراهم من أشخاص من خارج المؤسسات المعنية لتقديم معلومات عن المعتقلين، وشددت المادة الخامسة على ضرورة أن ترفع اللجنة تقريرها النهائى خلال موعد أسبوعين لكل حالة على حدة، وطالبت المادة السادسة من القرار جميع الجهات تقديم ما لديها من معلومات للجنة لمساعدتها فى أداء دورها.
