تتمتع محافظة الفيوم بالعديد من المواقع والمزارات الأثرية الدينية من العصر الإسلامي، وانتشرت المساجد والمنشآت الإسلامية في كل قرى ومدن المحافظة، ومنها مئذنة وقبة مسجد الشيخ علي الروبي، وقنطرة اللاهون، ومسجد قايتباي، والمسجد المعلق، وقنطرة خوند أصلباي، وسوق المغاربة، إلا أن كل هذا الكم من الآثار الإسلامية لم يجد من يسوّق له سياحيًا أو يصونه أثريًا، فتعرض معظمها إلى الإهمال، إما بفعل عوامل الزمن أو طالتها أيدي العابثين. قنطرة اللاهون وبنيت قنطرة اللاهون من الحجر الصلب عند مدخل بحر يوسف، لتقليل اندفاع تيار مياه بحر يوسف، وشيدها الظاهر بيبرس وهي مكونة من قنطرتين منفصلتين، يبلغ طول واجهتها 21 مترًا، وتم ترميمها في عهد السلطان الغوري الذي زار الفيوم عام 1512 ميلادية، ولاحظ بداية تآكل أحجار قناطر اللاهون فأصدر أمرًا بترميمها، وأغلقها أهالي القرية الآن بعد أن استولوا على حرم بحر يوسف وشيدوا عليه المحال التجارية والمنازل والمقاهي، بعد تحويل مجرى بحر يوسف من قناطر بيبرس إلى القناطر الجديدة التي تم إنشاؤها بمنحة يابانية فرنسية لإمكانية توليد الكهرباء من انحدار المياه وتولد 50 ميجا وات. وتحتاج قناطر اللاهون إلى تدخل وزارة الآثار لإعادتها إلى سيرتها الأولى، وإزالة كل ما بناه الأهالي فوق القنطرة وأمامها، لما يشكله من خطورة على جسم المبنى يؤدي إلى انهياره. مسجد قايتباي ويقع مسجد قايتباي في أقصى الطرف الشمالي الغربي من مدينة الفيوم على ضفاف ترعة بحر يوسف، ويرجع إلى عصر الدولة المملوكية، وأقامته السيدة خوند أصلباي زوجة السلطان قايتباي، على قنطرة خوند أصلباي (قنطرة باب الوداع حاليًا) في القرن الخامس عشر (عام 1476 ميلادية). ويمتاز المسجد بأن منبره تم تصنيعه بطريقة يمكن فكها وتركيبها، بالإضافة إلى أن منبره مطعم بسن الفيل الذي استورد خصيصًا له من الصومال وبه تحف أصلية كالباب ودكة المقرئ، وكان الجامع قديمًا يقع نصفه الشمالي الغربي على بحر يوسف فوق قنطرة بفتحتين، غير أنه في سنة 1887 ميلادية، تصدع هذا الجزء وانهار نصفه المقام على القنطرة 1862 ميلادية. وطالت يد الإهمال المسجد حتى إن سائقي سيارات الكارو والحنطور اتخذوا من جواره موقفًا لهم، كما أن المياه الجوفية أدت إلى هبوط أرضي بالمسجد وشروخ بالحوائط، مما أجبر الأهالي على ترميمه بالجهود الذاتية وبإشراف هيئة الآثار بالفيوم. قنطرة خوند أصلباي وترجع قنطرة خوند أصلباي إلى القرن التاسع الهجري، وشيدتها خوند أصلباي زوجة السلطان قايتباي عام 1894 ميلادية، ويعرفها العامة بقنطرة باب الوداع، وتؤدي إلى مقابر المدينة، وتعرضت إلى التلف بفعل عوامل الزمن وضعف عمليات الصيانة. المسجد المعلق وبنى الأمير سليمان بن حاتم، حاكم البهنساوية والفيوم عام (996 هجرية – 1576 ميلادية) المسجد المعلق، تطل الواجهة الرئيسية للمسجد على ترعة بحر يوسف بمدينة الفيوم، وبني على طراز الأزهر على ربوة عالية، ولأن المسجد يقع وسط كتلة سكنية مزدحمة بالمحال التجارية والسيارات فإن الأدخنة وعوامل الزمن أثرت على مبنى المسجد، مما أدى إلى إغلاقه في وجه المصلين حتى تم ترميمه أيضًا بالجهود الذاتية، ومازال المسجد يحتاج إلى عمليات ترميم بأسلوب علمي حتى تتم إعادتة إلى ما كان عليه، وحتى لا يفقد طرازه الإسلامي الذي شيد عليه. مسجد الشيخ علي الروبي ويقع مسجد الشيخ علي الروبي بشارع الصوفي، وأمر ببنائهما السلطان برقوق عام 893 هجرية تكريمًا للعابد الناسك الشيخ علي الروبي الذي استوطن الفيوم، وكان يمتد نسبه إلى العباس (عم الرسول صلى الله عليه وسلم) وبنيت القبة من الطوب اللبن كما بنيت المئذنة على طراز إحدى مآذن الأزهر الشريف. وجدده الأمير عبد الرحمن كتخدا سنة (1120 هجرية – 1780 ميلادية) ويعتبر مسجد الروبي مزارًا للآلاف من مريديه الذين يتوافدون عليه من منتصف شهر شعبان حتى آخر شهر رمضان ويقيمون به الولائم للفقراء والمحتاجين، ويحتاج المسجد إلى الصيانة الدورية المستمرة لكثرة مرتاديه الذين يؤثرون على الأرضيات والميضة، كما أن الرطوبة بالأرضيات أدت إلى تساقط بعض طبقات البلاط في أسفل الجدران. وكالة المغاربة وتقع وكالة المغاربة بشارع القصبة (سوق القنطرة) بمدينة الفيوم، وهي ذات بوابات خشبية وصحن أوسط به دكاكين، ويعلوها خان للتجار المغاربة وتعتبر مركز الفيوم التجاري القديم.
