حث بابا روما – خلال زيارته لمجمع المسجد الأقصى - الناس من الديانات المختلفة على "العمل معا لتحقيق العدالة و السلام". كما صلى البابا عند الحائط الشرقي الذي يقع أسفل المسجد الأقصى والذي يمثل قيمة دينية هامة لليهود. مطأطئ الرأس، لامسا احجار الحائط بيديه. ولقى الحبر الاعظم حفاوة من كلا الفلسطينيين والاسرائيليين، ودعا الرئيسين الى زيارة الفاتيكان. وقد رد الرئيس الاسرائيلي شيمون بيريز والرئيس الفلسطيني محمود عباس على الدعوة بشكل ايجابي. وبعد زيارته للموقع الأهم في القدس – و الذي يمثل أحد أصعب النقاط الخلافية في النزاع الاسرائيلي الفلسطيني – توجه البابا الى المبني الوطني التذكاري للهولوكوست في منطقة ياد فاشيم. والتقى البابا هنا ببعض الناجين من الهولوكوست و وصفها بقوله "مأساة رهيبة" وبأنها كانت "هاوية لا قرار لها". الأخوة و الأخوات بدأ البابا صباح الاثنين بزيارة لمجمع المسجد الأقصى. ويعد المسجد ثالث اقدس الاماكن لدى المسلمين ويقع على منطقة متنازع عليها بين المسلمين الذين يسمونها الحرم الشريف و بين اليهود الذين يسمونها جبل المعبد. وخلع البابا حذاءه قبل أن يدخل الى قبة الصخرة التي يقول المسلمون ان النبي محمد صعد منها الى السماء. التقى البابا بمفتي القدس والقيادات الاسلامية وخلال حديثه لمفتي القدس محمد احمد حسين، خرج البابا عن كلمته المعدة سلفا داعيا المسيحيين و اليهود و المسلمين للعمل معا من اجل تحقيق السلام و ادانة التعصب. وقال البابا "دعونا نحترم و نحب احدنا الآخر كأخوة و أخوات". وتوجه بعد ذلك إلى الحائط الغربي الذي يعد أحد أقدس الاماكن لدى اليهود، وهو جزء من الحائط من معبد يهودي قديم كان قائما هناك. وقضى البابا بضع دقائق يصلي عند الحائط كما فعل يوم الأحد عند الحاجز الاسرائيلي الأمني المثير للجدل الفاصل بين مدينة بيت لحم التوراتية في بيت لحم في الضفة الغربية عن القدس. البابا يضع دعاء مكتوبا فى الحائط الغربي كما ترك البابا دعاء مكتوبا في احد شقوق الحائط الغربي، ثم احتضن صديقين مقربين من بلده الارجنتين، أحدهما امام مسلم و الآخر حاخام يهودي كانا ضمن الوفد المرافق له من الفاتيكان. ثم توجه البابا بعد ذلك الى مقبرة هرتزل، ليصبح أول بابا يضع اكليلا من الزهور على قبر مؤسس الصهيونية الحديثة. مات تيودور هرتزل قد مات عام 1904 قبل أن يتحقق حلمه في إقامة وطن لليهود. وتقول يولاند نل مراسلة بي بي سي في القدس إنه على الرغم من أن زيارة المقبرة صارت الآن جزء من تقاليد الزيارات الرسمية لإسرائيل، إلا ان لها دلالة رمزية هامة. بعد ذلك توقف البابا بشكل غير مرتب لزيارة نصب تذكاري لمدنيين اسرائيليين ماتوا في هجوم لمسلحين فلسطينيين. و جاءت الزيارة بناء على طلب رئيس الوزراء الأسرائيلي بنيامين نتنياهو طبقا لما اعلنه مكتبه. توقف البابا لزياة نصب تذكاري لقتلى اسرائليين مدنيين اللهم لا تعدها وقام البابا بعد ذلك بزيارة الى المبنى التذكاري للهولوكوست في منطقة ياد فاشيم حيث قبل أيدى العديد من الناجين من الهولوكوست في إشارة الى تكريمهم. وفى عظة مهيبة في القاعة التذكارية دعا البابا قائلا "اللهم لا تعدها، اللهم لا تعدها". وقال "نحن هنا نشعر بالخزي لما قام به الانسان الذي خلقته على صورتك وهيئتك" البابا يضع اكليلا من الزهور فى ذكرى ضحايا الهولوكوست وتقول مراسلتنا ان زيارة المبنى التذكاري تحمل دلالة خاصة بسبب المسائل المثارة حول موقف الفاتيكان خلال الهولوكوست.
