اتهمت المنظمة المصرية لحقوق الإنسان، جماعة الإخوان المسلمين بترسيخ انتهاكات حقوق الإنسان بالقانون، والدخول في صراع جديد مع القضاة بحجة تطهير السلطة القضائية من أنصار النظام السابق.
وقالت المنظمة، فى تقرير لها بعنوان، "تهديد العدالة في مصر"، "إن جماعة الإخوان عمدت إلى طرح قانون جديد للسلطة القضائية يهدف إلى خفض سن التقاعد، وبالتالي عزل أكثر من 3500 قاض من مناصبهم".
وأوصت المنظمة، "بضرورة تعديل منظومة التشريعات المصرية لتحقيق استقلال القضاء، من خلال تعديل قانون السلطة القضائية بما يضمن استقلالا حقيقيا عن السلطة التنفيذية، إعمالا للدستور ومبادئ الأممالمتحدة"، مطالبة بالعمل على إعطاء السلطة القضائية صلاحية الرقابة على دستورية القوانين ومشروعيتها، والإقرار باختصاص المحكمة الدستورية العليا في الرقابة اللاحقة على القوانين دون استثناء، بالإضافة إلى إلغاء كل سلطة أو صلاحية لرئيس الدولة أو وزير العدل في أي شأن من شئون العدالة.
وشددت المنظمة في توصياتها لتحقيق استقلال القضاء على إبعاد سلطة رئيس الجمهورية ووزير العدل نهائيا من قرارات تعيين القضاة وأعضاء النيابة العامة، وأن يكون هذا من اختصاص مجلس القضاء الأعلى.
كما طالبت بإلغاء تعيين النائب العام الجديد، طلعت عبدالله، ووضع قواعد تؤدي إلى اختيار النائب العام بواسطة مجلس القضاء الأعلى من بين أحد نواب رئيس محكمة النقض، وأحد نواب رئيس محكمة استئناف القاهرة.