أعلن شيخ الأزهر، أنه لن يستطيع أن يستقبل الحاخامات ولن يصافح رئيس إسرائيل شيمون بيريز، ولا أن يوجد معه في مكان واحد. وقال شيخ الأزهر في حوار مع مكرم محمد أحمد نقيب الصحفيين في جريدة الأهرام، "إن موقفي هذا من بيريز ليس لأنه يهودي، ولكن لأنه أحد الذين خططوا لعدوان إسرائيل الصارخ على الشعب الفلسطيني والاستيلاء على القدس التي هي واحدة من أهم المقدسات الإسلامية التي أشعر بقيمتها الهائبة". وتابع "ولو أنني صافحته فسوف أحقق له مكسبا لأن المعنى أن الأزهر صافح إسرائيل، وسيكون ذلك خصما من رصيدي وخصما من رصيد الأزهر، لأن المصافحة تعنى القبول بتطبيع العلاقات وهو أمر لا أقره إلا أن تعيد إسرائيل للفلسطينيين حقوقهم المشروعة". وأكد أن مؤسسة الأزهر لا تحمل أجندة الحكومة على عاتقها، لكن الأزهر لا ينبغي أن يكون ضد الحكومة، لأنه جزء من الدولة وليس مطلوبا منه أن يبارك كل ما تقوم به الحكومة.وقال "عندما جئت شيخا للأزهر وافق الرئيس حسنى مبارك على استقالتي من عضوية المكتب السياسي للحزب الوطني كي يتحرر الأزهر من أي قيد، ولا أظن أن هناك دولة إسلامية تتمتع فيها المؤسسة الدينية بما يتمتع به الأزهر من مكانة وكرامة وتحرر، وبالمناسبة أنا لست ضد انتخاب شيخ الأزهر من هيئة علمائه، لكنني أخشى المجاملة التي أفسدت انتخابات عمداء الكليات". وفي سياق آخر أكد فضيلة الإمام الأكبر شيخ الأزهر أن السيف لا يصلح رمزا للإسلام لأنه دين رحمة وعدل، كما أنه انتشر في العالم لأنه دين الفطرة ودين العقل الذي خاطب عقول الناس وقلوبهم وساوى بين البشر ودعا إلى العدل. وحول ما يردده الغرب بأن الإسلام انتشر بحد السيف، أجاب شيخ الأزهر قائلا "ليس صحيحا أن الحضارة الإسلامية فرضت نفسها على العالم بحد السيف"، مشيرا إلى أن الإسلام يحض المسلم على أن يكون قويا قادرا على الدفاع عن وطنه ودينه ونفسه لكنه لا يحرضه على العدوان على الآخر. وحذر الطيب من تنامي دور جماعات المتطرفين التي انتشرت في أرجاء كثيرة من العالم العربي، لافتا إلى أن هذه الجماعات تستقى فكرها من فقهاء البادية وتتهم الجميع بالكفر وتسعى إلى نشر الخراب والفتنة في العالم الإسلامي باسم الصحوة الإسلامية المقبلة خدمة لمصالح من يريدون أن يظل العالم الإسلامي مهمشا منقسما على نفسه بعيدا عن صحيح الدين الحنيف غارقا في الجهل والتخلف. ولفت شيخ الأزهر إلى أن السبب الرئيسي في تنامي دور هذه الجماعات هو انحسار دور الأزهر وتعطل رسالته في أن يكون منارة الإسلام المعتدل والمرجعية الأساسية لوسطية الدين الحنيف حيث تم تجفيف إمكاناته وحصار دوره كي يكون مجرد مسجد للصلاة. وشدد فضيلة الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر على أن الإسلام دين الوسطية (العدل)، وأن هذه الوسطية ليست وسطية أرسطو الذي يعتبر الفضيلة وسطا بين رذيلتين، ولا هي وسطية رياضية أو حسابية، وإنما هي وسطية أخلاقية اجتماعية كونية تنظر إلى الكون بمعيار المفاضلة العادلة بين نقيضين متضادين. وردا على سؤال، هل توافق البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية على أن شريعة الإسلام تركت للأقباط أن ينظموا أمور زواجهم طبقا لعقائدهم وعاداتهم؟، أجاب شيخ الأزهر قائلا "نعم أوافقه وأدعمه مائة في المائة وحجة البابا شنودة صحيحة تماما".
