أعرب عدد من علماء الأزهر عن رفضهم الشديد لهجوم وزير الاوقاف محمود حمدي زقزوق علي ما كتب عن الاعجاز العلمي في القرآن الكريم، ووصفه اياه بأنه أحد مظاهر التخلف الديني، في كتاب «تجديد الفكر الديني». يأتي كتاب وزير الاوقاف مصطدماً مع ما أبداه شيخ الأزهر الدكتور أحمد الطيب من اهتمام بالاعجاز العلمي حيث أصدر قراراً مؤخرا بتنظيم مسابقة عالمية للاعجاز العلمي في القرآن، العام القادم وبموجبها يحصل الفائز الاول فيها علي 15 ألف جنيه والثاني عشرة آلاف جنيه والثالث خمسة آلاف جنيه بالاضافة الي جائزة قيمتها ألفا جنيه لخمسة متسابقين وجائزة ألف جنيه لخمسة عشر فائزا آخرين. من جهته أوضح الدكتور أحمد السايح استاذ العقيدة الاسلامية بجامعة الازهر أن الهجوم علي الاعجاز العلمي في القرآن مرفوض خاصة أنه معجز في كل شيء وشدد علي أن الحديث عن هذا الاعجاز أمر ضروري خاصة أن عصر البلاغة ولي وبقيت البلاغة في القرآن وسنن الله الكونية وهذه الأمور ينبغي استثمارها وليس الهجوم عليها فالأمم تقدمت بالعلم، وأكد أن القرآن جاء بالاعجاز العلمي الذي يتناسب مع كل عصر، وهو الذي يخرج الأمة من الاغتراب المكاني والزماني، ودعوة مطلوبة وبالتالي نحن ضد اعتبار هذا الاعجاز نوعا من التخلف. الدكتور أحمد كريمة استاذ الفقه بجامعة الأزهر، رفض أيضا هجوم زقزوق علي معارضي تولي المرأة القضاء، وأكد أن العمل العلمي السليم يراعي المنهجية وليس «الانتقاء» وتعصب الانسان لرأي يخرجه من المنهجية العلمية، وأشار الي أن وصف من يرفضون تولي المرأة القضاء بأنهم جهلاء ومتعصبون أمر يعارض الامانة العلمية، فالأئمة الكبار مالك والشافعي وابن حنبل رفضوا تولي المرأة القضاء. وعن هجوم زقزوق علي الاعجاز العلمي في القرآن أوضح كريمة أن مصنفات علوم القرآن المعاصرة أجمعت علي أن الاعجاز العلمي في القرآن أحد أنواع التفسير المعتمد. وتساءل: هل انتهت وزارة الاوقاف من معالجة الأحمديين والقاديين والبهائيين والقرآنيين والملاحدة، ولم يبق لها إلا الطعن في أئمة العلم، وتجهيل العلماء.