في أول تحرك له بعد تنصيبه رسمياً مرشداً لجماعة الإخوان المحظورة طلب محمد بديع مهلة أسبوعين لترتيب أوراقه ومحاولة رأب التصدعات الداخلية بالجامعة، بعد الانقلاب الذي أسفر عن إقصاء محمد حبيب النائب الأول للمرشد وعبدالمنعم أبو الفتوح من عضوية مكتب الإرشاد، وقالت المصادر إن بديع رفض تسمية نائب أو أكثر له، بحيث يتم ذلك وفق عملية توافقية شاملة لترضية بعض قيادات المعارضة الداخلية بالجامعة وإقصاء البعض الآخر. وكشفت مصادر إخوانية ل «روز اليوسف» عن أن تأجيل المؤتمر الصحفي الخاص بتنصيب بديع ليومين كان هدفه حسم الخلافات الداخلية بين المرشد الجديد وأعضاء مكتبه وإعلان اسم نائبه وتشكيل هيئة المكتب الجديد، غير أن الخلافات لم تنته فلجأت الجماعة لإعلان اسم المرشد وحده وإرجاء إعلان باقي الأسماء لحين الاتفاق بشأنها، ورغم عدم نص اللائحة الداخلية للجماعة علي اختيار نائب للمرشد إلا أن المصادر الاخوانية توقعت اختيار بديع اكثر من نائب له علي نفس النحو الذي اتبعه سابقه مهدي عاكف عندما اختار حبيب نائبا أول وخيرت الشاطر نائبا ثانيا، واضافت المصادر: إن تعديلات واسعة في هياكل الجماعة القيادية سوف تجري خلال أيام. المصادر توقعت أيضا أن يتم فصل اللجنة الاعلامية بالجماعة التي كان يرأسها حسام أبو بكر رئيس المكتب الاداري لإخوان شرق القاهرة وهو الذي وصفته المصادر بأنه رجل أعمال لا علاقة له بالإعلام أو السياسية، عن لجنة النشر التي يرأسها عاصم شلبي أمين عام اتحاد الناشرين العرب عن اللجنة السياسية التي كان يرأسها في السابق عصام العريان الذي أصبح عضوا بمكتب الإرشاد. وأفادت المعلومات الواردة من الداخل الإخواني ايضا تولي رشاد البيومي مهمة الإشراف علي قسم التربية داخل الجماعة، حالة عدم اختياره نائبا للمرشد الجديد، وإسناد قسم الطلاب الذي كان يشرف عليه البيومي الي محمود أبوزيد الاستاذ بطب قصر العيني. من جانبه، قلل عبدالرحيم علي رئيس مركز الدراسات والبحوث العربية، من أهمية عمليات الترضية التي تحدثت عنها القيادات الاخوانية متسائلا: علي أي أرضية سوف تتم هذه الترضيات؟.. بمعني أن القطبيين بقيادة المرشد الجديد لن يتنازلوا عن رؤيتهم التي تعتمد علي الانكفاء التنظيمي ومن ثم يكون التوافق مع القيادات المبعدة إما عن طريق ترضيات مالية أو مناصب شرفية تخدم علي أفكار القطبيين وهو ما لن ترضاه هذه القيادات.