حمل عام 2009 في طياته مفاجأة من النوع الثقيل للأزهر تفجرت مع بداية العام الدراسي الجديد في أكتوبر 2009، فمجرد الصدفة جعلت شيخ الأزهر الدكتور محمد سيد طنطاوي هو بطل جديد في مواجهة التشدد باسم الدين، وثقافة فرض النقاب بإطلاق أحكام لم يتفق عليها العلماء. حكاية النقاب في 2009 مع شيخ الأزهر بدأت عند دخول الإمام الجليل في أول أيام العام الدراسي أحد فصول معهد أحمد الليبي الأزهري بمدينة نصر، وبالتحديد الصف الثاني الإعدادي ووجد طالبة ترتدي نقابا، فقال لها لماذا ترتدين النقاب ومعك مدرسة؟ فقالت: إنه واجب، فانفعل شيخ الأزهر وأوضح لها قائلاً: "الدراسة في الأزهر مبنية علي السماحة والتيسير والإسلام النقي المصفي ونحن لا نأخذ ديننا من المعقدين.. كما أن جمهور الفقهاء أجمع أن الوجه واليدين ليسا بعورة.. وتلا الآية الكريمة "قل للمؤمنات يغضضن من أبصارهن ويحفظن فروجهن". شيخ الأزهر بعد هذا الموقف تعرض لهجوم شديد علي اعتبار أنه أجبر طفلة علي خلع النقاب ولم يكن من يهاجمونه يعرفون ما وقع في نفس شيخ الأزهر من الصدمة بتربية طفلة بالأزهر علي ثقافة النقاب واعتباره فرضًا في حين أن مناهج الأزهر كلها تدعو للوسطية فقرر عقد مجلس أعلي للأزهر بتاريخ 8 أكتوبر لإصدار بيان يمنع فيه ونهائيا النقاب في قاعات العلم التي تدرس فيها مدرسات لفتيات، ومنعه كذلك في لجان الامتحانات وفي المدن الجامعية منعًا للغش والتدليس وحماية الفتيات أنفسهن. ولم يكن شيخ الأزهر بحاجة لأن يدافع عن نفسه في قرار قام باتخاذه حماية لوسطية الأزهر ومنعًا لكل فكر متشدد به، ولكنه مع ذلك أكد أنه ليس ضد استعمال المرأة للنقاب في حياتها الشخصية التي تتعلق بسلوكها في الشارع وفي عملها وفي بيعها وفي شرائها، ولكنه ضد استعمال هذا الحق في غير موضعه، مما يترتب عليه غرس ذلك في عقول الصغار من الفتيات وإتباع رأي الأقلية المخالف لرأي جمهور الفقهاء الذي يقول إن وجه المرأة ليس بعورة. واستطرد "أن من الأمور التي يفهمها كل عاقل أن المرأة تستعمل النقاب خشية أن يراها الرجال وليس من المعقول أن تستعمل المرأة النقاب إذا وجدت في مكان كله من السيدات لأن الإصرار علي استعماله في وجود النساء مع النساء هو لون من التشدد الذي تأباه شريعة الإسلام". وكان واضحًا قبل أن ينتهي العام أن شيخ الأزهر ما زالت أمامه معركة مستمرة ضد ثقافة النقاب، وأنه لن يستسلم أمامها وهو ما أكده بقوله: "إن ظاهرة النقاب جاء بها المتنطعون، ومن الواجب توضيح ذلك لأن عدم البيان سيؤدي إلي تخريب البلد، كما أن وجود طالبات ومدرسات منتقبات في معاهد الفتيات هو تشدد في غير موضعه ينبغي محاربته" وينتهي عام 2009 ويبدأ 2010 ليحمل معه ملف النقاب ومواجهة شيخ الأزهر له.