تسببت عملية نقل اصول شركة المستودعات المصرية العامة إلي الشركة القابضة للنقل البحري والبري في نشوب أزمة قضائية بين رئيس اللجنة النقابية بالشركتين وهيئة ميناء الإسكندرية والتي اقامت دعوي برقم 14549 لسنة 59 قضائية تطالب فيها بوقف تنفيذ وإلغاء نقل ملكية أصول "المستودعات" بمنطقة مرغم إلي الشركة القابضة وإعادتها إلي الميناء بكامل أصولها. أكدت أوراق الدعوي أن الشركة تمتلك مخازن في منطقة النوبارية وورش في مرغم وصدرت قرارات بعودة ملكيتها للشركة القابضة مستندة الي القانون رقم 203 لسنة1991 ثم قررت الجمعية العمومية ل"القابضة" بأيلولة شركة المستودعات بقيمتها الدفترية في بداية عام 2005 علي ان تقوم الشركة القابضة بنقل مليكة الأراضي التي تمثل أصولا لأزمة لنشاط الشركة الاخري وذلك بالتسجيل في الشهر العقاري علي الرغم من صدور قرارات بأيلولتها إلي ميناء الإسكندرية. وأضافت إن نقل ملكية الأصول للشركة القابضة تمثل مخالفة لقانون فضلا عن تسببها في أضرار كبيرة للعاملين بشركة المستودعات فيما قدمت الشركة القابضة مستندات عقود مسجلة مبرمة مع مجلس ادارة "المستودعات" بنقل ملكية الأراضي والمباني إليها وقرر مجلس إدارتها برئاسة اللواء محمد يوسف اعتماد 5.1 مليون جنيه لتطويرها. ومازالت أزمة الدعاوي القضائية المتبادلة بين الشركتين والميناء مستمرة خاصة بعد قرار المحكمة بإحالة القضية لمحكمة الإسكندرية الإبتدائية للاختصاص لعدم اختصاص القضاء الإداري بالبت في هذه المنازعات.