كشفت تحقيقات نيابة مصر القديمة في واقعة اختفاء الأيقونات القبطية من المتحف القبطي أن النيابة الإدارية بدأت تحقيقاتها في واقعة السرقة عام 2009 والتي كشفتها لجنة الجرد التي شكلها المجلس الأعلي للآثار عام 2007 . واثبت اللجنة في تقريرها عدم تطابق خمس قطع أثرية بما هو موجود بالسجلات الأثرية وإحالة الواقعة للنيابة الإدارية التي شكلت لجنة فنية أثرية أخري للوصول للحقيقة وتبين أن الأيقونات القبطية المصنوعة من قطع معدنية اختفت من المتحف أثناء عملية الترميم التي قام بها خبراء مصريون بدأت عام 2003 حتي 2006 . من جانبه نفي د. زاهي حواس الأمين العام للمجلس الأعلي للآثار سرقة الخمس قطع مشيراً إلي أنه قبل ثلاث سنوات اكتشفت اللجان الفنية التي كانت تتسلم عهدة «فيليب فلتس» مدير المتحف القبطي السابق عند بلوغه سن التقاعد اختفاء القطع وأحيل الموضوع بالكامل للتحقيق ثم إلي النيابة العامة. هذا فيما قال هاني صادق مدير المتحف القبطي أن القطع المختفية لم تسرق لأنها ليست قيمة.