قرر محمد عبد الحميد، مدير نيابة مصر القديمة، استدعاء مدير المتحف القبطي السابق وموظفي الأمن بالمتحف. كما قررت النيابة بإشراف مالك المصطفي، رئيس النيابة، وممدوح وحيد، المحامي العام الأول لنيابيات جنوبالقاهرة، استعجال تقرير اللجنة الفنية المشكلة من خبراء المجلس الأعلي للآثار حول فحص مقتنيات المتحف الموجودة حاليا، لمعرفة ما إذا ما كانت أصلية من عدمه. كان المكتب الفني للنيابة الإدارية أحال القضية للنيابة العامة بعدما أكملت تحقيقاتها في اختفاء القطع الأثرية منذ ثلاث سنوات عندما سلم "فيليب. ف" مدير المتحف القبطي السابق لدي بلوغه سن التقاعد، عهدة المتحف للمدير الجديد "بهجت. ف"، الذي وجد أن العهدة غير مطابقة لمواصفات الجرد، وبها قطع مفقودة وهي خمس قطع أثرية عبارة عن جزء من كرسي علي شكل صليب عليه نقوش، وشمعدان من النحاس، ومسرجة بغطاء علي شكل وجه آدمي، ومبخرة من البرونز بحالة سيئة وفاقدة أجزاء طبقاً للوصف في السجلات، وعملة من البرونز ترجع للعصر البيزنطي بقطر 2 سم. أكد بهجت في تحقيقات النيابة الإدارية أن القضية ليست سرقة، وإنما اختفاء موضحا أن "فلتس" قد يكون وقع علي عهدة المتحف دون مراجعتها ومطابقتها بالقطع الموجودة فعليا وهو ما قد يحدث خللا في الأمر.