انتهت لجنة تقصي الحقائق الثانية من تقريرها، والذي تضمن معلومات وأدلة جديدة في قضايا قتل وإصابة الثوار في الفترة من 25 يناير 2011 وحتى 30 يونيه 2012، ومنهم أفراد قوات الشرطة وأفراد من القوات المسلحة، وقرر رئيس الجمهورية إرسال التقرير للنائب العام، وحتى الآن لم يتحرك التقرير للمحاكمات الجارية سواء في قضية السويس أو قضية الإسكندرية أو غيرها من القضايا. ياتي هذا بالرغم من أن لجنة تقصي الحقائق أوصت بتوحيد جهة التحقيق والمحاكمة لكل المتورطين سواء كانوا من المدنيين أو العسكريين، إلا أن رئيس الجمهورية لم يتخذ إجراءات من شأنها تنفيذ توصيات اللجنة كما أن مجلس الشورى لم يعدل قانون القضاء العسكري، والنتيجة أن النائب العام هيحيل ملفات العسكريين المتورطين فى وقائع قتل الثوار والاعتداء عليهم للقضاء العسكري. وحملت بعض الحركات والمجموعات والأحزاب رئيس الجمهورية مسئولية عدم تنفيذ توصيات لجنة تقصي الحقائق الثانية والتى سيترتب عليها إفلات أفراد القوات المسلحة من العقاب، كما يحملون النائب العام مسئولية عدم تحريك التقرير من النيابة حتى الآن، في بيان وقعوا عليه . وتنظم الحركات وقفة احتجاجية الأربعاء 23 يناير 2013 الساعة الحادية عشر صباحًا أمام دار القضاء العالي للمطالبة بمنع إحال ملفات العسكريين الواردة أسمائهم بتقرير لجنة تقصي الحقائق الثانية للقضاء العسكري، وإجراء التعديلات التشريعية اللازمة لتنفيذ توصية اللجنة بتوحيد جهة التحقيق والمحاكمة، بإصدار مشروع القانون الذى تبنته اللجنة، وتحريك التقرير وضمه للقضايا المتداولة من قضايا قتل وإصابة الثوار، وسرعة التحقيق في الوقائع الجديدة وإعلان نتائج التحقيقات للرأي العام. ووقع على البيان الذي يحمل رئيس الجمهورية مسئولية عدم تنفيذ توصيات لجنة تقصي الحقائق : مجموعة “وراكم بالتقرير” لمتابعة تقرير تقصي الحقائق الثانية، حركة المصرى الحر، حمله حاكموهم، الجماعة الوطنية لحقوق الإنسان، المبادرة المصرية للحقوق الشخصية، شباب المصريين الأحرار، حملة لسة ماتحاكموش، مبادرة فؤادة watch، دكتور عمرو الشلقاني، حزب التحالف الشعبي الإشتراكي، الحزب المصري الديمقراطي الاجتماعي، حركة شايفنكم، مصريون ضد الفساد، مجموعة لا للمحاكمات العسكرية للمدنيين، الجبهة القومية للعدالة والديمقراطية، مجموعة التحرك الإيجابي، رابطة اصحاب الدم و الهم، ائتلاف ثورة اللوتس، شباب من أجل الحرية و العدالة، اتحاد شباب ماسبيرو، حملة هنلاقيهم .
